结论：不同单位的分公司负责人为同一人时，是否属于“负责人为同一人不能同时参与投标”的情形，需结合具体法律关系及招标文件要求综合判断。一般情况下，若这些分公司之间存在控股、管理关系或隶属关系，则可能被禁止同时参与同一标段投标；若不存在此类关系，则可能不受此限制。以下为详细分析：

一、法律与规定层面

1. 《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条：该条款明确规定，单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或者未划分标段的同一招标项目投标。这一规定旨在维护招标的公正性和竞争性，防止具有关联关系的单位通过串通投标等不正当手段获取中标资格。

2. 分公司与总公司的关系：分公司作为总公司的分支机构，虽然具有独立的法律地位，但在经济上、管理上通常与总公司存在紧密的联系。若不同单位的分公司负责人为同一人，且这些分公司之间存在控股、管理关系或隶属于同一总公司，则它们可能被视为具有关联关系的单位，从而受到上述法律条款的限制。

二、实际影响与风险

1. 串通投标嫌疑：若不同单位的分公司负责人为同一人，且这些分公司同时参与同一标段的投标，可能引发对其他投标人公平竞争的质疑。监管部门可能会认为这种情形存在串通投标的嫌疑，从而对相关投标进行调查和处理。

2. 资源分配冲突：即使这些分公司各自独立投标并中标，但在项目实施过程中，由于它们之间可能存在资源调配、利益分配等方面的矛盾，这可能会影响项目的进度和质量。

3. 监管合规风险：此类行为容易触发监管部门的审查，增加企业的合规成本和声誉损失风险。一旦被认定为违规行为，企业可能面临罚款、取消投标资格等严重后果。

三、例外情况与应对建议

1. 例外情况：在极少数特殊项目中，如招标文件明确允许或经监管部门特批，可能存在例外情形。但此类情况需严格满足前置条件，且必须通过公开透明的程序获得批准。

2. 应对建议：

   • 仔细审查招标文件：在参与投标前，务必仔细审查招标文件中的相关条款和要求，了解是否存在对关联关系单位的限制。
   • 评估自身关系：评估自身与其他投标单位之间是否存在控股、管理关系或隶属关系，以及分公司负责人是否为同一人等情况。
   • 咨询专业意见：如有疑问或不确定之处，建议及时咨询专业律师或招标代理机构，以获取准确的法律意见和指导。

总结与进一步思考：不同单位的分公司负责人为同一人时，是否属于禁止同时参与投标的情形，需根据具体法律关系及招标文件要求综合判断。企业在参与投标时，应严格遵守相关法律法规和招标文件的要求，确保投标的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。