针对“空壳药店怎么处罚”这一问题，首先我们需要明确“空壳药店”通常指的是那些虽然具备药店的注册和经营许可，但实际上并未按照许可的经营方式和范围进行规范经营，或者存在其他违法违规行为的药店。对于这类药店的处罚，主要依据相关的药品管理法律法规进行。
一、处罚依据
《药品流通监督管理办法》：该办法明确规定了药品经营企业的经营方式和经营范围，以及未经审核同意不得改变经营方式等条款。如果空壳药店擅自改变经营方式，如零售药店擅自从事批发业务，将违反此办法的相关规定。
《中华人民共和国药品管理法》：该法对药品的生产、销售、使用等各个环节都做出了详细规定，包括禁止销售劣药（如超过有效期的药品）等。如果空壳药店存在销售劣药等违法行为，将依据此法进行处罚。
二、处罚措施
对于空壳药店的处罚措施，通常包括以下几个方面：
没收违法销售的药品：对于空壳药店违法销售的药品，监管部门将依法进行没收，以防止这些药品继续流入市场，危害公众健康。
没收违法所得：如果空壳药店通过违法销售药品获得了收益，监管部门将依法没收这些违法所得。
罚款：根据违法行为的性质和情节严重程度，监管部门将对空壳药店处以一定数额的罚款。罚款的数额通常与违法货值金额相关，如《中华人民共和国药品管理法》中规定，生产、销售劣药的，并处违法生产、销售的药品货值金额十倍以上二十倍以下的罚款。
责令停产停业整顿：对于情节严重的空壳药店，监管部门可以责令其停产停业整顿，直至吊销药品经营许可证等资质证照。
其他行政处罚：根据具体情况，监管部门还可以采取其他行政处罚措施，如警告、通报批评等。
三、具体案例
以您提供的两个案例为例：
广东省某市市场监管部门查处网上零售药店擅自批发药品案：涉事企业未经药品监督管理部门审核同意，通过互联网向多家企业批发药品，违反了《药品流通监督管理办法》的相关规定，被监管部门依法处以没收违法销售的药品、没收违法所得、罚款的行政处罚。
龙陵县市场监督管理局行政处罚决定书案例：该药店销售超过有效期的药品，构成销售劣药的违法行为。根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，监管部门对该药店处以没收超过有效期的药品和罚款的行政处罚。
四、建议
为了避免成为“空壳药店”并受到处罚，药店应严格遵守相关法律法规和规定，确保按照许可的经营方式和范围进行规范经营。同时，药店还应加强内部管理，确保药品的质量和安全，维护公众的健康权益。
综上所述，对于空壳药店的处罚是依据相关法律法规进行的，包括没收违法销售的药品、没收违法所得、罚款、责令停产停业整顿等措施。药店应严格遵守法律法规，确保规范经营。