客运快艇非法加装顶棚属于擅自改装船舶结构，违反了《中华人民共和国海上交通安全法》《中华人民共和国内河交通安全管理条例》等相关规定，处罚措施主要包括责令改正、罚款，情节严重的还可能面临扣留或吊销证书、暂扣或吊销船舶检验证书等处罚。具体分析如下：

1. 法律依据与处罚原则
   根据《海上交通安全法》第五十条及《内河交通安全管理条例》第六条，船舶必须符合国务院交通主管部门规定的船检技术规范，并经船舶检验机构检验合格后方可航行。非法加装顶棚属于擅自改变船舶结构，违反了“船舶适航性”要求，主管部门将依据违法情节轻重（如改装范围、是否影响航行安全、是否造成事故等）进行处罚。

2. 具体处罚措施

   • 责令改正与罚款：
     根据《海上交通安全法》第九十九条及《内河交通安全管理条例》第六十四条，海事管理机构可责令立即拆除加装顶棚，恢复原状，并对船舶所有人或经营人处以2000元以上2万元以下罚款（内河船舶）或2万元以上10万元以下罚款（海上船舶）。
     
   • 扣留或吊销证书：
     若改装导致船舶不适航，可能扣留船员适任证书或吊销船舶国籍证书、船舶检验证书。
     
   • 行政强制措施：
     对拒不改正或存在重大安全隐患的，可采取暂扣船舶、强制拆除等措施，费用由违法者承担。
     
   • 刑事责任：
     若因非法改装导致重大事故（如沉船、人员伤亡），可能构成《刑法》第一百三十三条“危险作业罪”或“重大责任事故罪”，追究刑事责任。

3. 执法实践中的考量因素
   处罚力度会结合以下情节综合判断：

   • 改装是否影响船舶稳性、抗沉性等关键性能；
     
   • 是否在航道、通航密集区等高风险区域航行；
     
   • 是否配合调查、主动消除隐患；
     
   • 是否有同类违法前科。

建议：若您的快艇已加装顶棚，应立即联系当地海事机构申报检验，确认是否符合安全标准。若需拆除，务必由专业机构操作，避免自行拆除引发二次安全隐患。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或处罚案例。