公司办停薪留职是否合法，需结合具体情况及法律法规进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
双方协商一致且有明确约定：
- 若公司与员工就停薪留职事宜进行了充分沟通和协商，双方自愿达成一致意见，并通过书面协议等形式明确约定了停薪留职的期限、双方权利义务等内容，则此情况下的停薪留职是合法的。例如，因公司经营困难进行业务调整时，可与员工协商停薪留职，并在协议中约定保留社保缴纳等事项。
符合内部规章制度：
- 若公司内部有关于停薪留职的合法规章制度，且该规章制度的制定程序合法（如经过民主程序制定、向劳动者公示等），员工按照规章制度规定的流程申请并获得批准后进行停薪留职，也是合法的。
劳动关系存续：
- 即使员工停薪留职，其与公司之间的劳动关系仍然存续，受《劳动法》保护。这意味着公司不能随意解除与员工的劳动关系，员工也享有相应的劳动权益。
违法情形
未经协商擅自决定：
- 若公司未与员工协商，单方强制要求员工停薪留职，则侵犯了员工的合法权益，属于违法行为。员工有权拒绝公司的单方面要求，并可以通过法律途径维护自己的权益。
违反法律法规强制性规定：
- 在停薪留职期间，若公司停止为员工缴纳社会保险，则违反了《社会保险法》的强制性规定。此外，若公司无故停发员工工资，也违反了《劳动法》中关于工资支付的规定。这些行为均属违法。
损害劳动者权益的不合理安排：
- 若停薪留职期限过长且不合理，或在停薪留职期满后拒绝员工返岗要求等情况，也可能涉嫌违法。公司应确保停薪留职的安排不会损害员工的合法权益。
法律建议
对于公司：在考虑实行停薪留职时，应确保与员工进行充分沟通和协商，并签订书面协议明确双方权利义务。同时，应遵守相关法律法规的规定，确保员工的合法权益得到保障。若公司面临经营困难或其他需要调整员工工作的情况，应考虑采取其他合法且人性化的解决方案，如调整工作安排、减少工作时间、降低工资等。
对于员工：若公司提出停薪留职的安排，员工应先与公司进行沟通协商，了解具体安排和保障措施。若认为公司的安排侵犯了自身合法权益，应拒绝并可以通过向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
综上所述，公司办停薪留职的合法性需根据具体情况判断。在大多数情况下，未经协商或无正当理由的停薪留职是不合法的。公司应遵守相关法律法规，寻求合法且兼顾员工利益的解决方案。员工也应了解自己的权益和维权途径，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。