结论概述：公司借款时是自然人独资，后改为股份有限公司，责任的承担需分情况讨论。一般来说，若借款用于公司且符合法定条件，责任由公司承担；若存在人格混同、未履行出资义务等情形，则相关自然人或股东可能需承担连带责任。
详细分析：
公司作为独立法人承担责任：
- 根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
- 若借款发生在公司作为自然人独资企业期间，且借款用于公司经营，后公司变更为股份有限公司，只要借款行为符合公司法的规定，且没有证据表明借款被用于个人消费或其他非公司用途，那么该借款应由变更后的股份有限公司承担。
自然人独资期间的责任：
- 在自然人独资期间，如果股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的，应当对公司债务承担连带责任。这是基于《中华人民共和国公司法》第六十三条的规定。
- 如果借款发生在自然人独资期间，且存在股东财产与公司财产混同的情况，那么即使公司后来变更为股份有限公司，原自然人股东仍可能需对借款承担连带责任。
股份有限公司股东的责任：
- 股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。这是基于《中华人民共和国公司法》第三条的规定。
- 如果借款发生在公司变更为股份有限公司之后，且股东已履行出资义务，没有滥用股东权利等行为，那么股东通常不需对公司债务承担个人责任。
- 但是，如果股东存在未履行出资义务、抽逃出资、滥用股东权利等行为，导致公司财产不足以清偿债务的，债权人可以要求相关股东在未出资本息范围内或者滥用权利造成的损失范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。
特殊情况下的责任承担：
- 如果借款行为存在欺诈、恶意串通等违法行为，或者借款合同本身存在无效情形，那么责任承担可能不受上述规则的限制，而需要根据具体情况进行判断。
- 另外，如果公司在变更过程中存在违法违规行为，如未依法进行清算、未通知债权人等，也可能导致相关责任人的法律责任加重。
建议与行动：
- 对于债权人而言，如果担心借款无法收回，可以要求公司提供担保或者要求股东提供个人担保，以增加债权的安全性。
- 对于公司而言，在变更过程中应严格遵守法律法规，确保变更程序的合法性和合规性，避免因此产生不必要的法律风险。
- 如果涉及复杂的法律问题或者存在争议，建议及时咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答和建议。