针对您提出的“保密工程违法分包怎么处罚”的问题，以下是我基于相关法律法规为您提供的详细解答：
保密工程，作为涉及国家安全、商业秘密或个人隐私等敏感信息的工程项目，其违法分包行为不仅扰乱了建筑市场秩序，更可能对国家安全、商业利益或个人隐私造成严重损害。因此，法律对此类行为规定了严格的处罚措施。
一、主要处罚措施
责令改正与没收违法所得
- 监管机构在发现保密工程存在违法分包行为时，会首先要求违规单位立即停止违规行为，并追回因违法分包获得的全部非法收益。这是为了纠正违法行为，防止非法收益继续扩大。
罚款
- 根据《建设工程质量管理条例》等相关法律法规，对于违法分包的单位，将面临工程合同价款一定比例的罚款。具体罚款比例可能因违规情节的严重程度而有所不同，但通常会在0.5%至1%之间，对于勘察、设计单位的违法分包，罚款比例可能更高，达到合同约定的勘察费、设计费的25%至50%。这一措施旨在通过经济处罚，增加违规成本，从而遏制违规行为。
资质处理
- 对于违法分包行为情节严重的单位，监管机构将采取更为严厉的资质处理措施，包括责令停业整顿、降低资质等级甚至吊销资质证书。这些措施将直接影响违规单位的业务能力和市场竞争力，甚至可能导致其无法继续从事建筑工程相关业务。
民事责任与连带赔偿
- 若因违法分包导致工程质量问题或造成其他损失，违法分包单位需与接受分包的单位承担连带赔偿责任。这是为了保护建设单位等受害方的合法权益，确保他们能够得到应有的赔偿。
刑事处罚
- 在极端情况下，如果违法分包行为触及了刑法底线，如涉及行贿、受贿或重大责任事故等，相关责任人将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役及罚金等。这是为了维护法律的严肃性和权威性，对严重违法行为进行严厉打击。
二、综合建议
对于保密工程而言，由于其特殊性，各相关单位更应严格遵守相关法律法规，杜绝违法分包行为。具体来说：
- 加强内部管理：建立健全合规制度，确保项目合法合规进行。特别是要加强对分包单位的管理和监督，确保分包单位具备相应的资质和能力。
- 提高法律意识：增强风险防控能力，避免因违规行为带来的法律风险和经济损失。各相关单位应定期组织法律培训，提高员工的法律意识和合规意识。
- 积极配合监管：在监管机构进行检查或调查时，各相关单位应积极配合，提供真实、完整的资料和信息，以便监管机构及时了解情况并作出处理。
综上所述，保密工程违法分包的处罚措施严格且多样，涵盖了从责令改正、没收违法所得、罚款到资质处理、民事责任乃至刑事处罚等多个层面。各相关单位应引以为戒，切实履行法律责任，共同维护建筑市场的健康有序发展。