结论：在您描述的情况下，若最初因缺乏事实依据无法起诉，但两年后政府调取了证据，诉讼时效的计算需根据具体情况来判断。一般来说，如果政府调取证据的行为构成了诉讼时效中断的情形，那么诉讼时效将重新计算；如果并未构成中断，则需看原诉讼时效是否已过，以及政府调取证据的时间点与原诉讼时效的关系。

详细分析：

1. 诉讼时效的基本规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年（特殊情形可能有所不同）。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。

2. 诉讼时效的中断：

   • 如果在诉讼时效期间内，因法定事由（如权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等）导致诉讼时效中断，那么从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间将重新计算。
   • 在您的情况下，如果政府调取证据的行为可以视为权利人（即您或相关当事人）在积极行使权利，且这一行为导致了诉讼时效的中断（例如，政府调取证据是为了支持您的诉讼或作为诉讼的一部分），那么诉讼时效将从政府调取证据的行为终结时起重新计算。

3. 政府调取证据与诉讼时效的关系：

   • 如果政府调取证据的行为并未构成诉讼时效的中断（例如，政府调取证据是为了其他目的，与您的诉讼无关），那么您需要查看原诉讼时效是否已过。
   • 如果原诉讼时效已过，且没有其他导致诉讼时效中断或延长的情形，那么您可能将失去通过诉讼来保护自己权利的机会。
   • 如果原诉讼时效未过，或者虽然已过但存在其他导致诉讼时效中断或延长的情形（如您在此期间内向义务人提出了履行请求等），那么您仍然可以在剩余的诉讼时效期间内提起诉讼。

4. 特殊情况下的诉讼时效：

   • 需要注意的是，某些特殊情况下（如涉及人身伤害、环境污染等）的诉讼时效可能有不同的规定。此外，如果法律另有规定或当事人另有约定，诉讼时效也可能有所不同。

建议：

• 及时咨询：由于诉讼时效的计算涉及复杂的法律事实和法律规定，建议您及时咨询专业律师，以便更准确地判断您的诉讼时效情况。
• 保留证据：无论诉讼时效如何计算，保留好所有相关证据都是非常重要的。这些证据将有助于您在诉讼中证明自己的权利。
• 积极行使权利：在诉讼时效期间内，积极行使自己的权利（如向义务人提出履行请求、提起诉讼等）是保护自己权益的有效方式。

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