联合体的合同是否可以分开计税，需根据联合体各方的合作模式、合同约定及税法规定综合判断，具体分以下两种情况分析：

1. 若联合体各方为独立核算、独立承担法律责任的主体，且合同明确约定了分账条款

根据《增值税暂行条例》及《企业所得税法》相关规定，联合体各方若在合同中明确约定了收入、成本、费用的分配比例，且实际履行中按约定独立核算、独立开票、独立纳税，则可以分开计税。

• 增值税层面：各方需按各自提供的服务或货物分别开具增值税发票，并按适用税率申报纳税。例如，联合体中A公司负责设计（税率6%），B公司负责施工（税率9%），则A、B需分别按6%和9%计税。
  
• 企业所得税层面：各方需按分配比例确认收入，并扣除对应成本、费用后计算应纳税所得额。若合同未约定分配比例，则需按实际投入或贡献度协商分配，否则可能被税务机关核定征税。
  

关键点：合同需明确分账条款，且实际履行与合同一致；否则可能被认定为“混合销售”或“兼营行为”，需按主业税率统一计税。

2. 若联合体各方为共同承包、风险共担的合作关系，且合同未约定分账条款

根据《建筑法》及税务实践，若联合体各方以“一个主体”名义对外承包工程（如总承包模式），且合同未明确分账，则通常需合并计税。

• 增值税层面：联合体需统一向业主开具发票，税率按主业确定（如建筑服务为9%）。若内部需分摊收入，可由牵头方开具总票后，向其他方开具分割单或内部结算凭证，但其他方无法对外开具发票。
  
• 企业所得税层面：联合体各方需按实际投入或约定比例分配利润，但税务处理上可能要求以联合体整体为纳税单位，或由牵头方汇总申报后分配。
  

关键点：合并计税需避免重复纳税，例如内部结算时需通过“往来科目”处理，而非直接确认收入；否则可能被要求补税或罚款。

实务建议

1. 合同设计：在联合体协议中明确约定收入、成本、费用的分配比例及开票方式，并报税务机关备案。
   
2. 税务登记：若需分开计税，联合体各方需独立办理税务登记，避免被认定为“临时税务登记”而限制开票权限。
   
3. 沟通协调：提前与业主、税务机关沟通计税方式，避免因理解差异导致税务风险。
   

总结：联合体合同能否分开计税，核心取决于合同约定及实际履行模式。若需进一步分析具体案例，可直接向我咨询。