核心结论：两人没有结婚证但有孩子且分开，可签订一份关于子女抚养、财产分割（如有）等方面的协议，以明确双方权利义务。以下是具体说明：

1. 协议内容要点

   • 子女抚养方面
     • 抚养权归属：明确孩子由哪一方直接抚养，这需要考虑孩子的年龄、成长环境、双方的经济状况和抚养能力等因素。例如，如果孩子一直由母亲照顾，且母亲有稳定的工作和住所，可能更有利于孩子继续随母亲生活，那么协议中就可以约定孩子由母亲直接抚养。
     • 抚养费支付：非直接抚养方需要支付抚养费，要明确抚养费的金额、支付方式和支付时间。抚养费的金额一般根据子女的实际需要、父母双方的负担能力和当地的实际生活水平确定。支付方式可以是按月支付、按季度支付等，支付时间要具体到日期，如每月5日前支付。
     • 探视权：直接抚养方应保障非直接抚养方的探视权，明确探视的时间、方式和地点。比如约定每周六非直接抚养方可以接孩子去其住处共同生活一天，周日送回直接抚养方处。
   • 财产分割方面（如有共同财产）
     • 财产清单：列出双方在共同生活期间所取得的共同财产，如房产、车辆、存款、家具家电等，并注明财产的归属情况。例如，双方共同购买了一套房产，约定归一方所有，该方需向另一方支付相应的补偿款。
     • 债务承担：明确双方在共同生活期间所产生的共同债务的承担方式。如果有共同债务，要说明由哪一方承担，或者双方按照一定的比例承担。比如双方因装修房屋向银行贷款，约定由直接抚养孩子的一方承担全部债务。
   • 其他约定：可以根据双方的实际情况，约定一些其他事项，如孩子的教育、医疗等重大事项的决策方式，一方违反协议的违约责任等。

2. 协议签订注意事项

   • 双方自愿：协议必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方是在被强迫的情况下签订协议，该协议可能会被认定为无效。
   • 内容合法：协议的内容不能违反法律法规的强制性规定和社会公共利益。例如，不能约定剥夺一方的探视权等违法内容。
   • 形式规范：协议最好采用书面形式，由双方签字或盖章，并注明签订日期。如果有必要，还可以进行公证，以增强协议的证明力。

3. 协议生效后的履行与变更

   • 履行：双方应按照协议的约定履行各自的义务。如果一方不履行义务，另一方可以通过协商、调解或诉讼等方式维护自己的合法权益。
   • 变更：如果情况发生变化，双方可以协商对协议进行变更。变更协议也应采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。

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