在法律领域中，当刑事案件的被告最初口供承认犯罪，但后来又否认时，法院会采取一系列严谨且全面的方法来认定这一情况。以下是对此问题的详细解答：

一、核查最初供词获取流程的合规性

首先，法院或司法部门会严格核查被告最初供词的获取流程是否合规。这包括供词是否在合法、自愿、无胁迫的环境下取得。如果存在暴力逼供、吓唬、诱导等非法手段获取的供词，那么这份供词在法律上可能不被采纳。这是因为非法获取的供词违反了被告人的基本权利，且可能影响供词的真实性和可靠性。

二、结合其他证据进行综合判断

其次，法院会结合案件中的其他证据来进行综合判断。如果其他证据能够与最初的供词相互印证，形成完整的证据链，那么即使被告后来否认了供词，原供词也可能被法院认可。相反，如果证据不足，且供词又被推翻，那么法院在事实认定上就会存在疑问，可能会要求进一步调查或补充证据。

三、审视翻供的理由和证据

翻供的理由和证据也是法院认定的重要因素。如果被告能够提出合理的原因和新的证据来支持其翻供，那么法院会重新审视案件，并可能根据新的证据和理由来调整对案件的认定。例如，如果被告能够证明其最初的供词是在受到胁迫或误解的情况下作出的，那么法院可能会更加倾向于采信其后来的否认。

然而，如果被告翻供只是为了逃避责任，且没有提供合理的理由和新的证据来支持其翻供，那么法院可能会认为其最初的供词仍然具有较强的证明力。在这种情况下，法院会结合其他证据来认定案件事实，如果其他证据足以形成完整的证据链，并排除合理怀疑地证明犯罪事实，那么法院仍然可以对被告进行定罪量刑。

四、遵循“重证据，重调查研究，不轻信口供”的原则

在整个认定过程中，法院会严格遵循“重证据，重调查研究，不轻信口供”的原则。这意味着法院不会单纯依据口供来定案，而是会综合全案的证据来判断翻供的合理性和真实性。法院会仔细审查每一份证据的真实性、关联性和合法性，并依据这些证据所证明的事实来作出公正的判决。

总结

综上所述，当刑事案件的被告最初口供承认犯罪但后来又否认时，法院会通过核查供词获取流程的合规性、结合其他证据进行综合判断、审视翻供的理由和证据以及遵循“重证据，重调查研究，不轻信口供”的原则来认定这一情况。这一过程体现了法院对案件事实的严谨态度和对被告人权利的充分尊重。