关于您提出的“因举报村集体工程存在违法违纪而支出鉴定费应由谁出”的问题，这确实是一个涉及建设工程领域法律责任与费用分担的复杂问题。以下是我的详细解答：

核心结论：鉴定费的承担通常取决于举报是否属实以及相关的法律规定或合同约定。

1. 若举报属实：

   • 如果村集体工程确实存在违法违纪行为，且该行为导致了需要进行鉴定，那么通常情况下，鉴定费用应由违法违纪方承担。这是因为违法违纪行为是导致鉴定费用产生的直接原因，按照“谁过错，谁承担”的原则，费用应由过错方即违法违纪方来承担。
   • 在某些情况下，如果政府相关部门或监管机构介入调查，并确认违法违纪行为存在，他们可能会根据相关法律法规或政策规定，对鉴定费用进行补贴或全额承担，以鼓励公众积极举报违法违纪行为。

2. 若举报不属实：

   • 如果经过鉴定，发现村集体工程并不存在违法违纪行为，那么鉴定费用通常应由举报方自行承担。这是因为举报方的举报行为并未得到证实，且其举报行为可能给被举报方带来了不必要的麻烦和损失，因此，举报方应承担因自己行为而产生的费用。

3. 特殊约定：

   • 在某些情况下，村集体工程的相关合同或协议中可能明确规定了鉴定费用的承担方式。如果合同或协议中有此类约定，那么鉴定费用的承担应遵循合同或协议的规定。
   • 此外，如果村集体工程是由第三方机构负责监管或审计的，且该机构在合同中明确承诺了对违法违纪行为的调查及鉴定费用承担，那么鉴定费用也可能由该第三方机构承担。

综上所述，因举报村集体工程存在违法违纪而支出的鉴定费应由谁出，取决于举报是否属实、相关法律法规或政策规定以及合同或协议的约定。如果您在具体案件中遇到了此类问题，建议咨询当地相关部门或专业律师以获取更准确的法律意见。