核心结论：稿件超期退回的处理方式需根据合同约定、超期原因及双方协商情况综合判断，具体可分为以下几种情况：

1. 合同有明确约定超期处理条款
   若双方签订的合同中已明确约定“超期退回的后果”（如扣除部分稿费、终止合作、要求赔偿损失等），则应优先按合同条款执行。例如：

   • 若合同约定“超期超过5日，甲方有权单方解除合同且不支付稿费”，则乙方（作者）可能面临无法获得报酬的风险；
     
   • 若合同约定“超期需按日支付违约金”，则双方可按约定结算违约金后继续履行或终止合同。
     建议：立即核对合同条款，确认超期是否触发违约责任，并评估继续履行或终止合同的利弊。

2. 合同未约定或约定模糊
   若合同未明确超期处理方式，或约定过于原则（如“双方协商解决”），则需根据《民法典》合同编的相关规定处理：

   • 超期原因可归责于一方：若超期因一方过错导致（如甲方未及时反馈修改意见、乙方拖延交付），过错方需承担相应责任。例如：
     
     • 甲方未在合理期限内提出修改意见，导致乙方无法按时交付，甲方可能需延长交付期限或赔偿乙方因此产生的损失；
       
     • 乙方无正当理由拖延交付，甲方有权要求乙方承担违约责任（如赔偿损失、减少稿费等）。
       
   • 超期原因不可归责于双方：若因不可抗力（如自然灾害、政策调整）或意外事件导致超期，双方可协商延长交付期限或免除部分责任。
     建议：收集证据（如沟通记录、修改意见反馈时间等），证明超期原因及责任归属，再与对方协商解决方案。

3. 双方协商一致变更合同
   无论合同是否有约定，双方均可通过协商变更合同内容（如延长交付期限、调整稿费标准等）。若协商一致，建议签订书面补充协议，明确变更后的权利义务，避免后续纠纷。
   建议：协商时注意保留书面记录（如邮件、微信聊天记录），确保变更内容清晰可追溯。

4. 一方单方解除合同
   若超期严重影响到合同目的实现（如甲方因超期无法按时出版、乙方因甲方长期拖延失去创作热情），一方可依据《民法典》第563条主张解除合同，并要求对方承担违约责任（如赔偿损失）。
   建议：解除合同前需评估是否符合法定解除条件，并提前通知对方，避免因程序瑕疵被认定为违约。

总结：稿件超期退回的处理需结合合同约定、过错责任及实际损失综合判断。建议优先协商解决，若协商无果，可依据合同或法律规定主张权利。如有具体合同条款或纠纷细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析。