结论：执业助理医师在诊所单独执业死亡，保险公司是否拒赔不能一概而论，需结合保险合同条款、事故具体情况以及相关法律规定综合判断。以下分情况详细说明：

1. 若保险合同明确约定“单独执业”为免责情形

• 合同条款优先：若保险合同中明确将“执业助理医师单独执业”列为免责条款（如医疗责任险、意外险等），且保险公司已尽到提示说明义务（如加粗字体、投保人签字确认等），则保险公司可能依据合同拒赔。
• 法律依据：根据《保险法》第十七条，保险公司对免责条款需履行明确说明义务，否则条款不生效。但若条款合法有效，则需按合同执行。

2. 若保险合同未明确排除“单独执业”情形

• 需判断是否符合保险责任范围：
  • 医疗责任险：若死亡与医疗行为直接相关（如误诊、操作失误等），需进一步分析是否属于“执业行为”。若助理医师单独执业超出其法定执业范围（如独立开展手术），可能被认定为“非执业行为”，保险公司可能拒赔。
  • 意外险：若死亡原因属于意外（如突发疾病、意外事故），且保险合同未限制执业状态，则保险公司通常需赔付。
• 法定执业范围限制：根据《执业医师法》，助理医师需在执业医师指导下执业，单独执业可能涉嫌违法。若保险公司主张“违法执业”属于免责情形，需结合合同条款判断是否支持。

3. 保险公司拒赔的常见抗辩理由及应对

• 抗辩理由：
  • 助理医师单独执业违反法律规定，属于“非法执业”；
  • 死亡与执业行为无直接因果关系；
  • 投保时未如实告知执业状态（如隐瞒单独执业情况）。
• 应对方向：
  • 证明死亡与执业行为直接相关（如医疗事故鉴定报告）；
  • 主张保险公司未尽免责条款说明义务；
  • 强调保险合同未明确排除“单独执业”情形。

4. 实务建议

• 审查保险合同：重点查看“保险责任”“免责条款”部分，确认是否包含“单独执业”相关限制。
• 收集证据：包括死亡证明、医疗记录、执业资质文件、保险合同等，以证明事故性质及合同履行情况。
• 协商或诉讼：若保险公司拒赔，可先协商；协商无果可向法院起诉，由法院根据合同条款及法律规定裁决。

提示：保险理赔纠纷需结合具体案情分析，建议提供保险合同、事故详情等材料进一步咨询。若有疑问，可直接向我提问，我会结合您的具体情况详细解答。