在机动车与行人发生交通事故，且司机被认定为负主要责任、行人负次要责任的情况下，赔偿问题需要依据《道路交通安全法》及相关法律法规，并结合事故的具体情况来综合确定。以下是对此问题的详细解答：

一、责任划分的基本原则

1. 无过错原则：根据《道路交通安全法》第76条，机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生交通事故，通常遵循无过错原则，即机动车一方在无法证明行人故意碰撞或存在明显过错的情况下，需承担更多责任。

2. 过错程度减轻责任：若行人存在过错，如违反交通规则，机动车一方的赔偿责任会根据行人的过错程度适当减轻。

二、主次责任的具体比例

1. 机动车主要责任：

   • 若机动车因违反交通规则（如闯红灯、超速、未礼让行人等）导致事故，且被认定为负主要责任，那么机动车一方通常需要承担80%-90%的赔偿责任。

2. 行人次要责任：

   • 行人若因违反交通规则（如横穿马路、不走人行横道、闯红灯等）导致事故，且被认定为负次要责任，那么行人需要承担一部分责任。但考虑到行人的弱势地位，即使行人负次要责任，机动车一方仍可能需承担40%-60%的赔偿责任（具体比例需根据实际情况判定，但行人责任比例通常不会超过机动车）。不过，在大多数主次责任划分中，行人次要责任的比例会相对较低，如20%-30%，而机动车则承担剩余的70%-80%或更高，具体取决于行人的过错程度和事故具体情况。这里的40%-60%是一个相对宽泛的说明，实际比例应更倾向于机动车承担大部分。

三、赔偿项目的确定

赔偿项目通常包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、必要的营养费等。若行人因事故导致残疾或死亡，还需赔偿残疾赔偿金、残疾辅助器具费、被扶养人生活费，以及丧葬费、死亡赔偿金等。

四、赔偿流程与建议

1. 责任认定：首先，由公安机关交通管理部门或法院根据事故现场勘验、检查、调查情况及检验、鉴定结论来确定责任划分。

2. 协商赔偿：在责任认定明确后，双方可以协商赔偿事宜。若协商不成，可以寻求第三方调解或通过法律途径解决。

3. 法律帮助：处理此类事故时，建议寻求专业法律帮助。律师可以提供专业的法律分析和指导，帮助当事人更好地理解和应对复杂的法律责任问题，确保自身权益得到充分保护。

五、特殊情况说明

• 若机动车无过错，也需承担不超过百分之十的赔偿责任，这体现了法律对行人的保护。
• 若事故是由行人故意碰撞机动车造成的，机动车一方不承担赔偿责任。

综上所述，机动车与行人交通事故的赔偿问题是一个综合考量多方面因素的复杂过程。在处理这类事故时，应严格遵循法律法规，确保公正合理地划分责任，并保护双方的合法权益。如有需要，请及时寻求专业法律帮助。