学校拒绝学生申请自主联系实习机构的行为是否违法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
合法情况
教学管理与质量保障：
- 学校有权制定教学计划和实习安排，以确保学生实习能达到教育目标和质量标准。统一联系实习单位有助于学校监督实习过程，保证实习内容与专业课程紧密结合，为学生提供系统有效的实践锻炼。在此情况下，学校限制自主实习是行使正常教学管理权限，并不违法。
安全保障：
- 学校统一安排实习能够评估和控制实习单位的安全性，为学生提供及时的安全指导和保障。出于对学生安全的考虑，学校在合理范围内限制自主实习也是合法的。
法律规定：
- 根据《职业学校学生实习管理规定》，学校在学生实习方面享有一定管理权，但并未明确禁止学生自主选择实习单位。因此，只要学校规定合理且不违反法律，学生需遵守。例如，学校可能要求学生在自主实习前提交详细的实习计划、实习单位资质证明等，以确保实习的合法性和安全性。
违法情况
强制安排与利益关联：
- 若学校强制学生参加特定实习单位，且与这些单位存在不正当经济利益关联，如获取回扣等，这种行为不仅不合理，还可能违反教育部门相关规定，损害学生权益。在此情况下，学校的行为构成违法。
剥夺自主选择权：
- 若学校完全剥夺学生自主实习权利，且缺乏充分合理理由，不给学生提供申诉渠道和解释说明，这种做法可能侵犯学生的合法权益，违背以学生为本的教育理念，甚至构成违法。根据《职业学校学生实习管理规定》第十四条，学生有权自行选择实习单位，并需提交实习协议及（未满18周岁学生的）监护人签字同意书。学校无权强制学生去特定单位实习。
应对措施建议
初步沟通：
- 学生首先应与学校相关部门或负责人进行沟通，表达疑虑和不满，寻求合理解决方案。在沟通过程中，学生可以了解学校拒绝自主实习的具体原因，并尝试提出自己的合理诉求。
投诉举报：
- 若沟通无果，学生可向当地教育主管部门投诉或举报，提供相关证据材料，请求介入调查和处理。教育主管部门有责任对学校的实习安排进行监管，确保学生的合法权益不受侵害。
法律途径：
- 若涉及严重法律纠纷或权益受损，学生可以通过法律途径维护自身合法权益。例如，学生可以向法院提起诉讼，要求学校承担因违法拒绝自主实习而造成的损失。在提起诉讼前，学生需要准备充分的证据，包括学校拒绝自主实习的通知、沟通记录、实习单位资质证明等。
总结来说，学校拒绝学生申请自主联系实习机构的行为是否违法，需根据学校的具体规定和实际情况来判断。学生在面对此类问题时，应了解相关法律法规和政策规定，根据自身情况选择合适的处理方式，并保留好相关证据以维护自身权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。