结论：法院直接从女方账户扣款给男方作为抚养费，这一行为本身在法律程序上是合法的，但关键在于该行为是否符合相关法律规定及程序要求，且抚养费虽名义上为支付给孩子，实际支付对象和处理方式需依据具体情况和法律规定来判断。

分析说明：

1. 法院扣款的合法性：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，法院在执行过程中，有权对被执行人的财产采取查封、扣押、冻结、划拨等强制措施。若女方未按照生效法律文书（如离婚判决书、调解书）确定的义务支付抚养费，男方作为申请执行人，可以向法院申请强制执行。
   • 在此情况下，法院直接从女方账户扣款给男方，是执行程序中的一种常见做法，旨在确保生效法律文书的履行，保护申请执行人的合法权益。因此，从法律程序上看，这一行为是合法的。

2. 抚养费的支付对象与处理方式：

   • 抚养费是父母或其他对未成年人负有抚养义务的人，为未成年人承担的生活、教育等费用。虽然抚养费名义上是为了孩子的利益而支付，但在实际操作中，由于孩子通常不具备独立处理财务的能力，因此抚养费往往由直接抚养孩子的一方（如男方或女方）代为收取和管理。
   • 在法院执行过程中，若判决或调解书中明确规定了抚养费的支付方式和对象（如直接支付给男方或女方），则法院会按照该规定进行执行。若未明确规定，法院可能会根据实际情况和双方当事人的意愿，决定将抚养费支付给直接抚养孩子的一方。
   • 在本案例中，若法院判决或调解书中未明确规定抚养费必须直接支付给孩子，且男方作为直接抚养孩子的一方申请执行抚养费，则法院将抚养费从女方账户扣款给男方，是符合法律规定的。

3. 可能的法律后果与注意事项：

   • 若女方认为法院的执行行为存在错误或不当之处，如扣款金额错误、扣款程序违法等，可以向法院提出执行异议或申请复议，以维护自己的合法权益。
   • 同时，双方当事人应尽可能通过协商、调解等方式解决抚养费纠纷，以减少对孩子的负面影响和不必要的法律程序。

建议与行动：

• 若女方对法院的扣款行为有异议，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律程序和救济途径。
• 双方当事人应加强沟通与协商，尽量就抚养费的支付问题达成一致意见，以维护孩子的合法权益和家庭的和谐稳定。
• 在未来的法律文书中（如离婚协议、调解书等），应尽可能明确抚养费的支付方式、对象和金额等关键条款，以避免后续纠纷的发生。