结论：面对被别人在相关部门恶意诋毁合同的情况，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：一是收集并固定证据；二是向相关部门投诉或举报；三是考虑通过法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁。

一、收集并固定证据

1. 书面证据：收集所有与合同相关的书面文件，包括但不限于合同文本、补充协议、往来邮件、短信、聊天记录等。这些文件应能清晰展示合同的内容、签订过程以及双方的权利义务。
2. 证人证言：如果有可能，寻找目击者或了解情况的人作为证人，并记录他们的证言。证人证言在证明合同真实性以及诋毁行为的存在方面可能起到关键作用。
3. 录音录像：如果诋毁行为发生在公开场合或你有机会录制相关证据，确保录音录像的合法性和清晰度，以便在后续程序中作为证据使用。
4. 其他证据：根据具体情况，还可能包括专家鉴定意见、市场调查报告等，这些证据有助于证明合同的真实性和诋毁行为的损害后果。

二、向相关部门投诉或举报

1. 市场监管部门：如果诋毁行为涉及不正当竞争或虚假宣传，你可以向当地的市场监管部门投诉。市场监管部门有权对违法行为进行调查，并可能对违法行为人处以行政处罚。
2. 行业协会：如果合同涉及特定行业，且该行业有相关的行业协会，你可以向行业协会投诉。行业协会可能会根据其章程对会员进行纪律处分。
3. 公安机关：如果诋毁行为涉嫌诽谤、侮辱等刑事犯罪，你可以向公安机关报案。公安机关将依法进行调查，并可能对犯罪嫌疑人采取刑事强制措施。

三、考虑通过法律途径解决

1. 提起诉讼：
   • 民事诉讼：如果诋毁行为给你造成了经济损失或名誉损害，你可以向法院提起民事诉讼，要求违法行为人承担民事责任，包括赔偿损失、恢复名誉等。
   • 刑事诉讼：如前所述，如果诋毁行为涉嫌刑事犯罪，你可以在公安机关立案后，通过刑事诉讼程序追究犯罪嫌疑人的刑事责任。
2. 申请仲裁：如果合同中约定了仲裁条款，或者双方事后达成了仲裁协议，你可以向约定的仲裁机构申请仲裁。仲裁程序相对灵活且保密性较强，可能更适合解决合同纠纷。

四、注意事项

• 及时行动：一旦发现诋毁行为，应尽快采取行动，以免证据灭失或损害扩大。
• 保持冷静：在处理此类纠纷时，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为或发表不当言论，以免给自己带来不必要的麻烦。
• 寻求专业帮助：如果你对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助。律师将能够为你提供专业的法律建议和指导，帮助你更好地维护自己的合法权益。

面对被别人在相关部门恶意诋毁合同的情况，你应积极收集证据、向相关部门投诉或举报，并考虑通过法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。