针对您提出的“自然人年内换了两个单位，如何确定每个单位的扣缴义务”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，当自然人在一年内更换工作单位时，每个单位都将成为其任职受雇单位，并承担相应的扣缴义务。扣缴义务主要包括代扣代缴个人所得税等。

对于第一个单位：

• 在您任职期间，该单位作为您的扣缴义务人，需要按照税法规定，根据您的收入情况代扣代缴个人所得税。
• 如果您在该单位有专项附加扣除项目（如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人等），您可以在个人所得税APP中填写相关信息，并指定该单位为扣缴义务人。

对于第二个单位：

• 当您更换到第二个单位时，新的单位同样会成为您的扣缴义务人。
• 您需要在个人所得税APP中更新您的任职受雇信息，将新的单位添加为扣缴义务人。如果APP中没有新的扣缴义务人选项，您需要联系新单位的人事或财务部门，让他们先添加您的任职受雇信息，之后您才能在APP中进行选择。
• 新单位在为您代扣代缴个人所得税时，可以通过自然人电子税务局扣缴端进入“专项附加扣除信息采集”模块，点击【下载更新】后完成专项附加扣除信息的同步，再进行申报。

关于个税综合所得汇算地：

• 如果您在一年内有两处或以上的任职受雇单位，根据《个人所得税综合所得汇算清缴管理办法》的规定，您可以自主选择向其中一处主管税务机关申报个税综合所得汇算清缴。
• 如果您选择由单位代为办理汇算清缴，那么需要向该单位的主管税务机关进行申报。

总结与建议：

• 在更换工作单位时，请务必及时更新个人所得税APP中的任职受雇信息，并确保新单位能够正确代扣代缴您的个人所得税。
• 如果您有专项附加扣除项目，请及时在APP中填写并指定扣缴义务人，以便享受相应的税收优惠政策。
• 在选择个税综合所得汇算地时，请根据您的实际情况和便利性进行选择，并确保按照税法规定进行申报和缴纳税款。

希望以上解答能够帮助您更好地理解自然人在年内更换工作单位时如何确定每个单位的扣缴义务。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时咨询。