结论：帮公司垫付款买车，协议甲方是公司名但落户是个人的名字，这种情况确实存在法律风险和问题，主要涉及车辆所有权归属、债务关系以及可能的税务问题。以下是对这些问题的详细分析：

1. 车辆所有权归属问题：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，动产物权的设立和转让，自交付时发生效力，但是法律另有规定的除外。机动车等物权的设立、变更、转让和消灭，未经登记，不得对抗善意第三人。在此情况下，虽然购车协议甲方是公司，但车辆落户在个人名下，从法律形式上看，车辆的所有权可能归属于个人。
   • 法律建议：为避免所有权纠纷，公司应与个人签订明确的协议，约定车辆的实际所有权归公司所有，个人仅为名义上的车主，并明确双方的权利和义务。同时，建议将车辆登记在公司名下或通过其他方式确保公司对车辆的实际控制权。

2. 债务关系问题：

   • 法律背景：如果个人以自己的名义为车辆办理了贷款或产生了其他债务，而公司作为实际使用者并未直接参与这些债务关系，那么个人可能需要承担这些债务。一旦个人无法偿还债务，车辆可能面临被查封、拍卖等风险，从而影响公司的正常使用。
   • 法律建议：公司应确保购车款项的支付和债务关系的处理都以公司名义进行，避免个人名义的债务纠纷。如果必须以个人名义办理贷款或产生其他债务，公司应与个人签订明确的债务承担协议，并确保该协议具有法律效力。

3. 税务问题：

   • 法律背景：车辆落户在个人名下，可能涉及个人所得税、车辆购置税等税务问题。如果公司未按照税法规定进行税务处理，可能面临税务风险。
   • 法律建议：公司应咨询专业税务机构或律师，了解相关税务规定，并确保按照税法规定进行税务处理。例如，如果公司为员工购车并作为福利发放，可能需要按照个人所得税法规定代扣代缴个人所得税；如果车辆用于公司经营，可能需要按照车辆购置税法规定缴纳车辆购置税。

额外建议：

• 完善协议内容：公司应与个人签订详细的购车协议，明确双方的权利和义务、车辆所有权归属、债务承担、税务处理等关键条款。
• 咨询专业律师：在处理此类复杂法律事务时，建议公司咨询专业律师的意见，以确保协议的合法性和有效性，并降低法律风险。

总结：帮公司垫付款买车但落户在个人名下确实存在法律风险和问题。为避免这些风险和问题，公司应与个人签订明确的协议、确保购车款项和债务关系的处理以公司名义进行、并咨询专业税务机构和律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。