关于土地承包合同纠纷案件的管辖规定，这是一个涉及法律程序的重要问题，下面我将为您详细解答。
首先，我们需要明确的是，土地承包合同纠纷的管辖法院确定，主要依据的是《中华人民共和国民事诉讼法》及其相关司法解释。这些规定为我们提供了明确的指导原则。
一、一般原则：不动产纠纷专属管辖
在大多数情况下，土地承包合同纠纷被视为不动产纠纷，因此应由不动产所在地的人民法院专属管辖。这是因为土地承包合同的标的物是土地，属于不动产范畴，且此类纠纷往往涉及土地的占有、使用、收益等权益，与土地的自然属性及当地政策紧密相关。由不动产所在地法院管辖，便于实地调查、勘验，有利于案件的审理和执行。
二、特殊情形：合同中的管辖协议
尽管土地承包合同纠纷原则上按不动产纠纷专属管辖，但合同当事人之间如果存在合法有效的管辖协议，且该协议不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么可以按照协议确定的法院进行管辖。不过，需要注意的是，由于土地承包合同纠纷的特殊性，实践中这种情况相对较少。而且，管辖协议不得违反专属管辖的规定，即不得约定由不动产所在地以外的法院管辖，否则该约定将无效。
三、无管辖协议时的处理原则
当合同中没有明确约定管辖法院时，原告可以选择向被告住所地或合同履行地（即土地承包地）的法院提起诉讼。被告住所地指的是被告的户籍所在地或经常居住地，若被告为法人或其他组织，则为其主要办事机构所在地。而合同履行地，对于土地承包合同来说，通常就是土地所在地。
四、实际操作中的注意事项
协议管辖的限制：当事人在合同中约定管辖法院时，必须确保该约定不违反法律对级别管辖和专属管辖的规定。例如，不能通过协议将本应由中级人民法院管辖的案件约定由基层人民法院管辖。
管辖权异议：如果当事人对管辖法院有异议，应在提交答辩状期间提出。法院会进行审查，如果认为异议成立，会裁定将案件移送至有管辖权的法院；如果认为异议不成立，会裁定驳回。
五、实例说明
假设甲村与乙公司签订了一份土地承包合同，涉及的土地位于A县。后来，双方因合同履行发生了纠纷。如果合同中没有约定管辖法院，那么甲村可以选择向乙公司住所地的法院或A县法院提起诉讼。由于土地承包合同纠纷通常被视为不动产纠纷，因此A县法院作为土地所在地法院，将具有专属管辖权。
综上所述，土地承包合同纠纷的管辖法院确定需遵循上述原则，并考虑是否存在合法有效的管辖协议。在无协议或协议无效的情况下，原告可根据被告住所地或合同履行地选择适当的法院提起诉讼。希望这个解答能够帮助您更好地理解土地承包合同纠纷的管辖规定。