结论前置：外贸公司外发订单退费时留底是合法且必要的做法，这有助于公司维护自身权益、确保财务记录的准确性和完整性，并在可能发生的纠纷中提供有力证据。

1. 留底的合法性：

• 法律依据：在商业活动中，保留交易记录是基本的商业惯例，也是法律要求的一部分。虽然直接的法律条文可能并未明确提及“外发订单退费需要留底”，但根据《中华人民共和国合同法》、《中华人民共和国会计法》等相关法律法规，公司有义务保持其财务记录的完整性和准确性。退费留底作为交易记录的一部分，自然也是合法的。
• 商业实践：在国际贸易中，由于涉及跨国交易、货币兑换、关税等多个复杂环节，保留详细的交易记录对于公司来说尤为重要。这有助于公司在出现纠纷时，迅速提供证据，维护自身权益。

2. 留底的必要性：

• 维护公司权益：如果退费过程中出现任何争议或纠纷，留底可以作为公司证明自身行为合法性和合理性的有力证据。例如，如果客户声称未收到退费或退费金额不符，公司可以通过留底来证明已经按照约定进行了退费。
• 确保财务记录准确：留底有助于公司确保其财务记录的准确性和完整性。这对于公司的财务管理、税务申报以及审计等环节都至关重要。
• 提升公司信誉：一个注重交易记录、遵守商业惯例的公司，往往更容易赢得客户的信任和尊重。这有助于提升公司的商业信誉和品牌形象。

3. 留底的具体操作建议：

• 保留退费凭证：包括退费申请单、银行转账记录、客户签收单等。这些凭证应详细记录退费的原因、金额、时间以及双方的信息等。
• 建立电子档案：为了方便管理和查询，建议公司将退费留底以电子档案的形式进行保存。这不仅可以节省物理空间，还可以提高查询效率。
• 定期备份：为了防止数据丢失或损坏，公司应定期对退费留底的电子档案进行备份。这可以确保在需要时能够迅速恢复数据。

4. 可能的法律后果：

• 如果未留底：在退费过程中出现纠纷时，公司可能因无法提供有力证据而面临不利后果。例如，可能需要承担额外的赔偿责任或面临法律诉讼等。
• 如果留底不完整或虚假：如果公司留底的退费记录不完整或存在虚假情况，一旦被发现，可能面临法律处罚和声誉损失等严重后果。

5. 特殊情况下的考虑：

• 涉及跨境交易：在跨境交易中，由于涉及不同国家的法律体系和商业惯例，公司应更加注重退费留底的合规性和完整性。必要时，可以寻求专业法律意见以确保自身行为的合法性。
• 涉及大额退费：对于大额退费，公司应更加谨慎地处理留底事宜。除了保留必要的凭证外，还可以考虑与银行或第三方支付机构合作，以确保退费过程的安全性和可追溯性。

总结与建议：外贸公司外发订单退费时留底是合法且必要的做法。为了确保留底的合规性和完整性，公司应建立完善的退费管理制度和流程，并定期对留底进行审查和更新。如果公司在退费过程中遇到任何法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。