在签订学校就读协议时，乙方应填写的是学生的身份证号码。以下是对这一问题的详细解释：

1. 协议主体与身份确认：

   • 学校就读协议是学校与学生（或其法定监护人）之间就学生入学、就读等相关事宜达成的协议。
   • 在此类协议中，乙方通常指的是学生本人（若学生已具备完全民事行为能力）或学生的法定监护人（若学生为未成年人或限制民事行为能力人）。但无论哪种情况，协议中需要明确的是学生的身份信息，因为协议的主要内容是关于学生的就读事宜。
   • 身份证号码是确认个人身份的重要法定证件号码，具有唯一性和确定性。因此，在协议中填写学生的身份证号码，可以确保协议的主体明确无误。

2. 法律义务与责任承担：

   • 学生（或其法定监护人）作为协议的一方，需要承担协议中规定的相应义务，如按时缴纳学费、遵守学校规章制度等。
   • 若协议中未明确填写学生的身份证号码，可能导致在履行协议过程中出现身份确认困难、责任承担不清等问题。例如，在发生纠纷时，若无法确定协议的具体主体，可能会给纠纷的解决带来困难。

3. 实际操作与建议：

   • 在签订学校就读协议时，学校应明确要求乙方（学生或其法定监护人）填写学生的身份证号码，并核对无误。
   • 学生或其法定监护人在签订协议时，也应仔细核对协议内容，确保学生的身份证号码填写正确无误。
   • 若协议中涉及多个学生（如家庭中有多个子女在同一学校就读），则应在协议中分别填写每个学生的身份证号码，以明确各自的权利和义务。

特殊情况说明：

• 若学生因特殊原因（如年龄过小、未办理身份证等）无法提供身份证号码，学校可要求学生提供其他有效的身份证明文件（如户口簿、出生证明等），并在协议中注明相关情况。但这种情况应尽量避免，因为身份证号码是最为直接和有效的身份确认方式。

总结与建议：

• 在签订学校就读协议时，乙方应填写的是学生的身份证号码，以确保协议的主体明确无误、法律义务与责任承担清晰。
• 若在签订协议过程中遇到任何疑问或问题，建议直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。