在与分公司发生纠纷时，根据具体情况，确实可以单独起诉总公司以要求其承担相应的民事责任。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
- 《中华人民共和国民法典》第七十四条：法人可以依法设立分支机构。分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。
- 《中华人民共和国公司法》第十四条第一款：公司可以设立分公司。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司（即总公司）承担。
二、具体情形分析
分公司财产不足情形：
- 当分公司有一定财产但不足以承担全部赔偿责任时，当事人可将总公司列为共同被告，要求总公司承担剩余部分的赔偿责任。例如，若分公司因合同违约需赔偿100万元，但其仅有60万元可执行财产，则剩余的40万元可由总公司承担。在此情形下，虽然主要目标是分公司，但总公司作为补充责任主体，也可以被单独起诉以承担剩余责任。
分公司无独立财产情形：
- 若分公司刚设立或未开展经营活动，没有独立财产来承担民事责任，当事人可直接起诉总公司。因为分公司不具有法人资格，其民事责任最终由总公司承担。
纠纷与总公司直接关联情形：
- 如分公司按总公司指令活动，且纠纷与总公司决策直接关联，当事人可越过分公司直接起诉总公司。例如，总公司直接指示分公司进行某项违法活动，导致纠纷发生，此时总公司应作为直接责任主体被起诉。
三、操作建议
明确纠纷性质与责任主体：
- 在处理与分公司纠纷时，应首先明确纠纷的性质、合同条款以及相关法律法规，以确定责任主体。这有助于确定是单独起诉总公司，还是将总公司和分公司列为共同被告。
收集充分证据：
- 确保掌握充分证据证明分公司行为符合或超出总公司授权范围，以及总公司是否应承担相应责任。证据是诉讼成功的关键，务必认真收集和整理。
考虑诉讼成本与效益：
- 评估诉讼成本与预期收益，优先选择协商调解等非诉方式解决争议。如果诉讼是必要手段，则应制定合适的诉讼策略，以最大化维护自身权益。
四、实际案例参考
- 案例一：某供应商与分公司签订合同后，分公司违约未支付货款。供应商发现分公司无独立财产，遂直接起诉总公司。法院最终判决总公司承担支付货款的责任。
- 案例二：分公司因重大工程建设项目欠款，资产不足以清偿债务。债权人将总公司和分公司列为共同被告，要求总公司承担补充清偿责任。法院支持了债权人的诉求。
综上所述，与分公司发生纠纷时，当事人可根据具体情况灵活选择诉讼方式，包括单独起诉总公司。在处理此类纠纷时，务必明确纠纷性质、责任主体以及相关法律法规，并收集充分证据以支持自身诉求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。