交房后再签补充协议是合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律背景与依据
在房屋买卖交易中，补充协议是对原合同内容的补充、修改或细化。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿、公平、诚实信用的原则基础上，可以协商一致对原合同进行变更或补充。这意味着，只要双方达成合意，且补充协议的内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该补充协议就是合法有效的。
交房后签补充协议的合法性分析
合同变更的自由：房屋买卖合同签订后，双方当事人有权根据实际情况对合同内容进行变更。交房后，如果双方发现原合同中有需要补充或修改的地方，完全可以通过签订补充协议的方式来实现。这种变更行为是法律所允许的，也是合同自由原则的体现。
补充协议的内容合法性：补充协议的内容必须合法，不能违反法律、行政法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。例如，补充协议中不能约定免除一方因故意或重大过失造成对方财产损失的责任，也不能约定违反税收法规的内容等。只要补充协议的内容合法，那么它就是有效的。
双方意思表示真实：签订补充协议时，双方当事人的意思表示必须真实、一致。如果一方是在被欺诈、胁迫或乘人之危的情况下签订的补充协议，那么该协议可能因意思表示不真实而被撤销或认定为无效。
实际操作中的注意事项
明确补充协议的目的和内容：在签订补充协议前，双方应明确补充协议的目的和具体内容，确保协议条款清晰、明确，避免产生歧义或争议。
审查原合同条款：在签订补充协议时，应仔细审查原合同的条款，确保补充协议的内容与原合同不冲突、不矛盾。如果补充协议与原合同有冲突的地方，应以补充协议为准，但双方另有约定的除外。
保留相关证据：在签订补充协议的过程中，双方应保留好相关证据，如协商记录、邮件往来、短信通知等，以备不时之需。这些证据在后续可能发生的争议解决中可能起到关键作用。
可能的法律后果
如果双方签订的补充协议合法有效，那么它将对双方产生法律约束力。双方应按照补充协议的约定履行各自的义务，否则将承担违约责任。如果补充协议因内容违法或意思表示不真实而被撤销或认定为无效，那么双方应恢复原状或采取其他补救措施，并可能因此承担一定的法律责任。
建议：在交房后签订补充协议时，务必确保协议内容合法、双方意思表示真实，并保留好相关证据。如果有任何疑问或不确定的地方，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。