学校以未签订三方协议为由不发毕业证的行为，可能构成违法，但需结合具体情况判断。以下从不同角度展开分析：

1. 从教育法角度
   根据《中华人民共和国教育法》及《普通高等学校学生管理规定》，学校颁发毕业证的依据是学生完成学业且成绩合格，达到毕业条件。三方协议本质是就业意向书，属于学生与用人单位的民事约定，与学业完成情况无直接关联。若学校将签订三方协议作为毕业前提，可能涉嫌违反教育法中“不得设置与毕业无关的附加条件”的规定。

2. 从合同自由原则角度
   三方协议需学生、学校、用人单位三方自愿签订。若学校强制要求签订，可能侵犯学生的自主择业权（《劳动法》第三条）。但需注意：若学校仅是“建议”或“鼓励”签订，而非强制，则不构成违法。

3. 从行政行为合理性角度
   若学校以“未签三方协议”为由扣发毕业证，学生可向教育主管部门投诉（《教育法》第四十三条）。教育部门有权责令学校改正，学生也可通过行政诉讼主张权利（《行政诉讼法》第十二条）。

建议行动步骤：

1. 核查学校规定是否明确将三方协议与毕业挂钩（如写入《学生手册》）；
   
2. 若规定违法，可先与学校协商，要求出具书面依据；
   
3. 协商无果时，向当地教育局或省级教育行政部门申诉；
   
4. 必要时委托律师提起行政诉讼，主张学校行政行为违法。
   

特殊情形提示：
若学生因自身原因（如未完成学分、违纪等）未达毕业条件，学校扣发毕业证属合法行为，此时三方协议问题需另行主张。

如有进一步细节（如学校具体规定内容、是否已达毕业条件等），可随时补充说明，我会为您细化分析。