结论：女儿将去世的母亲葬在自家院中，这一行为本身并不直接构成违法，但可能涉及其他法律问题和实际操作的复杂性，需要从多个角度进行分析。

1. 土地使用权与规划许可角度

• 土地使用权：首先，需要确认自家院子的土地使用权性质。如果院子属于宅基地或自有土地，且土地使用权明确归属于家庭，那么从土地使用权的角度来看，女儿有权在该土地上进行合理的使用，包括安葬亲人。但需注意，即使土地使用权属于家庭，安葬行为也可能受到当地土地管理法规的限制，特别是如果土地被规划为特定用途（如农业用地、建设用地等），则可能不允许用于安葬。
• 规划许可：在一些地区，安葬行为可能需要获得相关部门的规划许可或批准。如果未经许可擅自安葬，可能会面临行政处罚或要求迁移的风险。因此，女儿在决定安葬前，应咨询当地土地管理部门或规划部门，了解是否需要办理相关手续。

2. 相邻关系与公共利益角度

• 相邻关系：安葬行为应尊重相邻权利人的合法权益，不得对相邻土地的使用造成妨碍或损害。如果安葬行为导致相邻土地使用受限、环境污染或其他不利影响，相邻权利人可能有权要求停止侵害、排除妨碍或赔偿损失。
• 公共利益：虽然自家院子属于私人空间，但安葬行为也应考虑公共利益和公共秩序。例如，如果安葬行为违反了当地的殡葬管理规定或公共卫生要求，可能会受到相关部门的干预。

3. 家庭内部协商与继承角度

• 家庭内部协商：在决定安葬方式时，女儿应与其他家庭成员（如父亲、兄弟姐妹等）进行充分协商，尊重他们的意见和感受。如果家庭内部存在分歧或争议，应通过协商、调解或诉讼等方式解决，以避免家庭矛盾升级。
• 继承问题：虽然安葬行为本身不直接涉及继承问题，但母亲的去世可能引发遗产继承等法律问题。女儿作为法定继承人之一，有权参与遗产的分配。在处理遗产时，应遵循法定继承顺序和份额分配原则，确保各继承人的合法权益得到保障。

4. 实际操作建议

• 咨询当地部门：在决定安葬前，女儿应咨询当地土地管理部门、规划部门或殡葬管理部门，了解相关法规和政策要求，确保安葬行为合法合规。
• 尊重家庭意愿：在处理安葬事宜时，应尊重家庭成员的意愿和感受，通过协商达成共识，避免家庭矛盾。
• 考虑长远影响：安葬行为应考虑长远影响，如未来土地使用、房屋改造等可能受到的限制。女儿应权衡利弊，做出明智的决策。

总结与建议：女儿将去世的母亲葬在自家院中，这一行为本身并不直接违法，但可能受到土地使用权、规划许可、相邻关系、公共利益等多方面的限制。因此，在决定安葬前，女儿应充分了解相关法规和政策要求，尊重家庭成员的意愿和感受，并考虑长远影响。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。