工程结束后两个月发现有问题，是否需要处理取决于问题的性质、合同约定以及法律规定，通常是需要处理的。以下从几个方面为你详细分析：
一、合同约定角度
保修条款：
- 如果建设工程合同中明确规定了保修期限和保修责任，那么在保修期限内出现的质量问题，施工单位是有义务进行修复的。即使工程已经结束两个月，只要还在保修期内，施工单位就需要承担保修责任。
- 法律依据：根据《建设工程质量管理条例》第四十条，在正常使用条件下，建设工程的最低保修期限为：（一）基础设施工程、房屋建筑的地基基础工程和主体结构工程，为设计文件规定的该工程的合理使用年限；（二）屋面防水工程、有防水要求的卫生间、房间和外墙面的防渗漏，为5年；（三）供热与供冷系统，为2个采暖期、供冷期；（四）电气管线、给排水管道、设备安装和装修工程，为2年。其他项目的保修期限由发包方与承包方约定。
违约责任：
- 如果合同中约定了工程质量的验收标准和违约责任，而工程在结束后两个月被发现存在不符合验收标准的问题，那么施工单位可能构成违约，需要承担违约责任，包括修复工程、赔偿损失等。
二、法律规定角度
质量责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，施工单位对建设工程的质量承担终身责任（在合理使用年限内）。即使工程已经交付使用，如果发现质量问题，施工单位仍然需要承担相应的法律责任。
- 具体条款：如《民法典》第八百零二条规定，因承包人的原因致使建设工程在合理使用期限内造成人身损害和财产损失的，承包人应当承担赔偿责任。
修复义务：
- 如果工程存在质量问题，且该问题影响了工程的正常使用或安全，那么施工单位有义务进行修复。这种修复义务可能来源于合同约定，也可能来源于法律规定。
三、实际操作建议
及时沟通：
- 如果发现工程存在问题，建议及时与施工单位沟通，明确问题的性质、修复方案和修复期限。
保留证据：
- 在沟通过程中，注意保留相关证据，如照片、视频、书面沟通记录等，以便在需要时证明问题的存在和施工单位的责任。
寻求法律帮助：
- 如果施工单位拒绝修复或修复方案不满意，可以寻求法律帮助，通过诉讼或仲裁等方式维护自己的合法权益。
总结来说，工程结束后两个月发现有问题，通常是需要处理的。具体处理方式取决于问题的性质、合同约定以及法律规定。如果问题属于保修范围或施工单位构成违约，那么施工单位有义务进行修复或承担违约责任。如果遇到复杂情况或施工单位不配合，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的权益。