发现电子合同被修改确实是一个需要谨慎处理的问题，因为这可能涉及到合同的合法性和有效性。以下是我为您提供的详细解答和建议：
一、确认修改是否合法有效
首先，您需要确认电子合同的修改是否遵循了法律规定和特定程序。根据相关法律，电子合同的修改必须满足以下条件：
- 协商一致：修改必须得到合同各方的明确同意，且修改内容应清晰、明确，无歧义。
- 合法性：修改后的合同内容不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害社会公共利益或第三方合法权益。
二、检查修改程序
接下来，您应检查修改过程是否遵循了以下程序：
- 查看原合同条款：检查原电子合同中是否有关于修改或变更的明确条款，如有，则应按照这些规定执行修改流程。
- 书面记录：确保修改内容有书面记录，如签署补充协议、发送确认邮件等，以证明各方对修改内容的认可。
- 遵循形式要求：如果原合同对形式有特定要求（如电子签名、认证方式等），修改协议也应遵循这些要求。
三、应对措施
如果您发现电子合同被非法或不当修改，您可以采取以下措施：
- 与对方沟通：首先尝试与对方沟通，了解修改的原因和背景，看是否能达成共识并恢复原合同或达成新的合法协议。
- 保存证据：妥善保存所有与合同修改相关的证据，包括聊天记录、电子邮件、会议纪要等，以备不时之需。
- 寻求法律帮助：如果沟通无果，或您认为修改行为严重损害了您的权益，建议咨询专业律师，了解您的法律权利和可能的救济途径。律师可以为您提供针对性的法律建议，帮助您维护合法权益。
四、预防未来风险
为了避免未来再次发生类似问题，您可以考虑：
- 加强合同管理：建立完善的合同管理制度，确保合同的签订、修改、履行等各个环节都有明确的流程和责任人。
- 使用可靠的技术手段：采用可靠的电子签名、时间戳等技术手段，确保电子合同的完整性和不可篡改性。
- 定期审查合同：定期对电子合同进行审查，确保合同内容与实际情况相符，及时发现并处理潜在问题。
总之，发现电子合同被修改时，您应首先确认修改的合法性和有效性，然后检查修改程序是否合规。如果发现问题，及时与对方沟通并保存证据，必要时寻求法律帮助。同时，加强合同管理和使用可靠的技术手段也是预防未来风险的重要措施。