面对合同被修改的情况，您需要保持冷静并采取一系列谨慎且合法的措施来维护自身权益。以下是一份详细的处理指南：
一、确认合同修改的合法性
协商一致原则：
- 根据《民法典》的相关规定，合同的修改必须经双方当事人协商一致。若修改是双方真实意思表示并签字或盖章确认的，则该修改合法有效。
- 若发现合同被一方擅自修改，这种修改是无效的，您有权不认可修改内容。
审查修改情况：
- 仔细对比合同原件与修改后的版本，明确哪些条款被修改以及修改的具体内容。
- 收集相关证据，如合同签订时的原始文件、通讯记录（邮件、短信等）、转账凭证等，以证明合同的原始状态及修改事实。
二、及时提出异议并协商处理
提出异议：
- 发现合同被擅自修改后，应立即以书面、邮件、短信等可留痕的方式向对方提出异议，明确指出擅自修改的事实及您不认可的态度。
协商处理：
- 若修改系双方曾协商一致但事后反悔，可尝试再次协商，寻求共识。
- 若为一方擅自修改，应要求对方恢复原状或重新签订真实有效的合同。双方也可就修改部分重新协商，达成一致后形成补充协议并签字盖章。
三、寻求法律救济
提起诉讼：
- 若协商无果，您可以向人民法院提起诉讼，请求法院确认擅自修改行为无效，并要求按原合同履行。
- 在诉讼过程中，您应充分举证，包括合同原件、修改痕迹、相关证据等。
- 若擅自修改导致您遭受损失，如因修改还款期限产生的额外利息支出等，您可一并要求赔偿。
申请仲裁：
- 若合同中有仲裁条款，且涉及金额较大或情况复杂，您可以考虑向仲裁机构申请仲裁。
四、注意诉讼时效与防范未来风险
诉讼时效：
- 若合同未约定还款期限或其他履行期限，您应随时主张债权，但需注意诉讼时效的限制。一般来说，提出主张后一定期限内（如两年）未继续主张的，可能视为超过诉讼时效而丧失法律保护。
防范未来风险：
- 在未来合同签订和履行中，应更加谨慎，确保所有修改均经双方协商一致并以书面形式确认。
- 可在合同中增加关于修改程序和条件的条款，如“任何修改均需双方书面同意并签字盖章”等，以减少潜在纠纷。
五、专业法律支持
- 在处理合同被修改的问题时，建议您寻求专业律师的法律支持。律师可以为您提供更具体的法律指导和支持，帮助您更好地维护自身权益。
综上所述，面对合同被修改的情况，您需要保持冷静、及时行动、收集证据并依法维权。通过遵循上述处理指南，您可以有效保障合同的合法性和有效性，维护自身的合法权益。