针对违反二类医疗器械备案初犯的处罚，主要依据《医疗器械监督管理条例》的相关规定进行，具体处罚措施如下：

1. 责令限期改正：

   • 药品监督管理部门在发现未取得第二类医疗器械经营备案凭证而经营第二类医疗器械的行为后，会首先要求违法者在规定期限内完成备案，使经营行为合法化。这是给予违法者一个改正的机会，避免直接面临更严厉的处罚。

2. 没收违法所得与物品：

   • 若在未备案期间有违法所得（即通过经营医疗器械获得的收入），这部分收入将被依法没收。
   • 同时，未备案的第二类医疗器械产品、用于违法经营的工具、设备、原材料等物品也将被依法没收。这是为了剥夺违法者的非法利益，并防止其继续违法经营。

3. 罚款：

   • 一般情况：
     • 货值金额不足1万元的，并处1万元以上5万元以下罚款。例如，某小型企业经营的未备案医疗器械货值5000元，可能面临1万元至5万元罚款。
     • 货值金额1万元以上的，并处货值金额5倍以上20倍以下罚款。如某企业违法经营的货值达5万元，则可能面临25万元至100万元罚款。
   • 逾期不改正的情况：
     • 如果违法者在规定期限内未完成备案或未改正其他违法行为，将面临更严厉的罚款。具体为处5万元以上10万元以下罚款。
     • 情节严重的，并处10万元以上20万元以下罚款。这里的“情节严重”可能包括多次违法、违法经营规模较大、对公众健康造成潜在威胁等情形。

额外提示与建议：

• 及时整改：对于初犯者，及时完成备案并整改违法行为是避免更严厉处罚的关键。建议违法者在收到药品监督管理部门的通知后，立即停止违法经营行为，并按照要求完成备案手续。
• 加强合规意识：医疗器械经营涉及公众健康和安全，因此必须严格遵守相关法律法规和规定。建议经营者在经营前充分了解并遵守《医疗器械监督管理条例》等相关法规，确保经营行为的合法性。
• 寻求法律帮助：如果违法者对处罚决定有异议或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据具体情况提供有针对性的法律建议和帮助。

法律依据：

• 《医疗器械监督管理条例》第八十四条：有下列情形之一的，由负责药品监督管理的部门向社会公告单位和产品名称，责令限期改正；逾期不改正的，没收违法所得、违法生产经营的医疗器械；违法生产经营的医疗器械货值金额不足1万元的，并处1万元以上5万元以下罚款；货值金额1万元以上的，并处货值金额5倍以上20倍以下罚款；情节严重的，对违法单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员，没收违法行为发生期间自本单位所获收入，并处所获收入30%以上2倍以下罚款，5年内禁止其从事医疗器械生产经营活动：
  • （三）经营第二类医疗器械，应当备案但未备案；

综上所述，违反二类医疗器械备案初犯将面临责令限期改正、没收违法所得与物品以及罚款等处罚措施。建议违法者及时整改并加强合规意识，以避免更严厉的法律后果。