结论：农村建设用地存在两处编号相同且属于同一权利人的情况时，能否办证需分情况讨论，关键在于编号重复的原因及是否符合土地管理法规要求。

1. 若编号重复属于登记系统错误或历史遗留问题，权利人可申请更正登记后办证
   根据《不动产登记暂行条例》第十四条，权利人可持土地权属来源证明（如宅基地批准文件、集体建设用地使用证等）向不动产登记机构申请更正登记。若经核实编号重复确因登记错误导致（如系统录入错误、编号重复分配），登记机构应依法更正并核发新证。此时办证不受影响，但需先完成编号修正。

2. 若编号重复因土地权属重叠或违规用地导致，需先解决权属争议或补办审批手续

   • 权属重叠情形：若两处土地实际范围重叠（如未经批准扩建或分户时未分割清楚），需先通过协商、调解或诉讼明确权属边界（《土地管理法》第十四条）。权属清晰后，对符合规划的部分申请登记。
     
   • 违规用地情形：若土地未经合法审批（如未取得乡村建设规划许可证），需先补办审批手续（《城乡规划法》第四十一条）。未经批准的土地无法登记发证，即使编号重复问题解决，也可能因违规被责令整改。

3. 同一权利人名下多宗农村建设用地，符合“一户一宅”或集体建设用地使用规定的可分别办证
   根据《土地管理法》第六十二条，农村村民一户只能拥有一处宅基地，但若因继承、分户等原因合法取得多处宅基地，或涉及集体经营性建设用地入市等情形，只要每宗地均符合规划、权属清晰且无争议，可分别申请登记。此时编号重复需按上述第1、2点处理，但编号问题本身不构成办证障碍。

建议行动步骤：

1. 向当地不动产登记机构查询编号重复的具体原因（系统错误、权属重叠或违规用地）；
   
2. 根据原因准备相应材料（如权属证明、规划审批文件、争议解决协议等）；
   
3. 申请更正登记或补办手续后，再提交办证申请。
   

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