结论：建设单位和施工单位为同一主体时，办理施工许可证原则上仍需提交施工合同，但具体要求可能因地区政策存在差异。以下从法律框架、实务操作、例外情形三个角度展开分析：

一、法律框架：施工合同是施工许可的法定要件

根据《建筑工程施工许可管理办法》第四条，申请施工许可证需提交“已经确定施工企业的证明文件”，而施工合同是证明建设单位与施工单位法律关系最直接、最核心的文件。即使建设单位与施工单位为同一主体（如集团内部关联交易或项目公司自施情形），仍需通过合同形式明确双方权利义务，否则可能因“未确定施工企业”被行政机关拒收申请。

实务建议：

1. 若为同一主体，可签订内部承包协议或总分包合同（需符合《建筑法》第二十九条关于分包的规定），并在合同中明确“建设单位与施工单位为同一主体”的条款；
   
2. 合同需加盖双方公章（即使为同一法人实体），以符合行政机关对“书面证明文件”的形式要求。

二、实务操作：部分地区允许简化材料

部分地方政府为优化营商环境，对“建设施工一体化”项目（如EPC总承包、政府投资代建项目）出台了简化政策。例如：

• 北京：对同一集团内部全资子公司间的项目，可提交集团内部审批文件替代施工合同；
  
• 上海：对采用工程总承包模式（EPC）的项目，允许以总承包合同替代建设单位与施工单位的分立合同。
  

风险提示：

1. 简化政策通常有适用范围限制（如项目规模、投资主体性质等），需提前向当地住建部门确认；
   
2. 即使允许简化，仍需提交其他证明材料（如集团内部决议、总承包合同等），不可直接省略“施工企业确定”的证明环节。

三、例外情形：特定项目可能无需施工合同

极少数情况下，若项目符合《建筑法》第七条的“抢险救灾、临时性建筑”等豁免情形，或属于政府主导的“简易低风险工程”（如建筑面积500平方米以下的装修工程），可能无需办理施工许可证，自然也无需提交施工合同。但此类项目需严格符合地方豁免清单条件，否则仍需按常规流程申请。

总结建议：

1. 优先准备施工合同：即使建设施工为同一主体，也建议签订书面合同并作为申请材料提交；
   
2. 提前咨询当地政策：通过住建部门官网或窗口确认是否适用简化流程；
   
3. 留存合同签署证据：如内部审批记录、公章使用登记等，以备行政机关核查。
   

若您有具体项目场景或地区政策疑问，可进一步向我说明，我将结合地方规定为您细化分析。