核心结论：发现中标后公章与所属公司不符，应及时、正式且专业地回复代理公司，说明情况并要求核实与纠正，同时保留好相关证据，必要时可寻求法律途径解决。以下是具体回复策略与内容建议：

1. 立即沟通，明确问题：

   • 首先，应尽快与代理公司取得联系，以书面形式（如电子邮件或正式函件）明确指出在中标文件中发现的公章与公司实际公章不符的情况。
   • 在沟通中，保持冷静和专业，避免情绪化表达，确保信息传达准确无误。

2. 要求核实与纠正：

   • 要求代理公司立即核实中标文件中的公章情况，确认是否存在错误或欺诈行为。
   • 如果确认是错误，应要求代理公司迅速更正，并重新出具正确的中标文件，以确保合同的合法性和有效性。
   • 如果怀疑存在欺诈行为，应进一步要求代理公司解释原因，并考虑是否需要采取法律措施保护自身权益。

3. 保留证据，准备应对：

   • 在沟通过程中，务必保留好所有相关证据，包括中标文件、沟通记录、公章样本等，以备不时之需。
   • 如果代理公司未能及时回应或解决问题，应考虑向相关部门（如招标机构、行业监管部门等）投诉或举报，以维护自身合法权益。

4. 示例回复内容：

   • “尊敬的代理公司：我方在仔细审查中标文件后，发现文件中使用的公章与我公司实际公章不符。此情况可能涉及文件真实性或法律合规性问题，对我方造成潜在风险。因此，我方恳请贵公司立即核实此事，并在XX日内给予正式回复。如确属错误，请尽快更正并重新出具中标文件；如存在其他原因，请详细说明。我方将保留进一步追究法律责任的权利，以维护自身合法权益。感谢贵公司的理解与配合。”

5. 考虑法律途径：

   • 如果代理公司拒绝回应、拒绝纠正或存在其他违法行为，应考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁等。
   • 在此过程中，建议寻求专业律师的协助，以确保法律程序的正确性和有效性。

额外提醒：在整个处理过程中，务必保持与代理公司的良好沟通，同时做好风险防控和证据保留工作。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。