股份经济合作社能否办理所有权证需分情况讨论，具体如下：
若股份经济合作社拥有独立产权的资产（如房产、土地等）
根据《民法典》第二百零九条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭需经依法登记才发生效力。若合作社通过合法途径（如出资建造、购买、继承等）取得资产所有权，且资产符合登记条件（如土地性质为集体建设用地、房产规划合规等），可向不动产登记机构申请办理《不动产权证书》，登记权利人为“XX股份经济合作社”。
关键点：需提供资产权属来源证明（如出让合同、竣工验收证明）、合作社章程、成员大会决议等材料，具体流程以当地不动产登记中心要求为准。
若涉及集体资产（如村集体土地、林地等）
根据《土地管理法》第十一条及《农村集体经济组织法（草案）》规定，集体土地所有权归村集体经济组织（或村民委员会）所有，股份经济合作社作为集体经济组织的实现形式之一，通常不直接持有集体土地所有权证。但若合作社通过承包、流转等方式取得土地经营权，可办理《农村土地经营权证》或《林权证》等使用权证明。
例外情形：若合作社通过改革将部分集体资产量化到成员个人，成员可能以份额形式持有权益，但此类权益不体现为传统意义上的“所有权证”，而是通过合作社章程或成员账户记录。
若资产权属存在争议或历史遗留问题
例如，合作社名下资产存在未确权、权属重叠（如与村民个人或企业争议）、违反规划建设等情况，需先通过行政确权、司法裁决或补办手续解决争议，否则无法办理所有权证。
建议：若涉及此类问题，可进一步向我咨询具体争议类型及解决路径。
总结：股份经济合作社能否办理所有权证取决于资产性质、权属来源及登记条件。若需具体操作指导或权属争议解决，可直接向我提供资产类型、取得方式等细节，我将结合地方政策为您制定方案。