结论：针对“建设工程款已全部到挂靠单位怎么办”这一问题，核心在于明确款项性质、挂靠关系合法性，并据此采取不同措施追回或保障权益。以下从不同角度详细分析：
一、明确款项性质与挂靠关系合法性
款项性质：
- 首先需确认该款项是否确实为应支付给您的建设工程款，包括工程进度款、结算款等。
- 核查款项支付凭证、合同条款等，确保款项无争议。
挂靠关系合法性：
- 挂靠行为在建设工程领域可能涉及违法分包、转包等情形，需评估挂靠关系的合法性。
- 若挂靠关系违法，可能面临行政处罚，甚至影响款项追回的合法性。
二、采取不同措施追回或保障权益
若挂靠关系合法且款项应支付给您：
- 与挂靠单位协商：首先尝试与挂靠单位沟通，要求其按照约定或法律规定将款项支付给您。
- 发送律师函：若协商无果，可委托律师向挂靠单位发送律师函，明确要求支付款项，并设定合理期限。
- 提起诉讼或仲裁：若挂靠单位仍不支付，可根据合同约定或法律规定，向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，要求挂靠单位支付款项及可能产生的违约金、利息等。
若挂靠关系违法：
- 评估风险：违法挂靠可能导致行政处罚，甚至影响工程款的合法性。需评估继续追讨款项可能面临的风险。
- 与发包方沟通：尝试与发包方沟通，说明情况，看是否能直接从发包方处获得款项（需确保发包方未支付给挂靠单位或已支付部分可追回）。
- 举报违法行为：向相关部门举报挂靠单位的违法行为，虽可能无法直接追回款项，但可促使挂靠单位面临处罚，增加其支付款项的压力。
- 考虑和解或调解：在违法挂靠的情况下，和解或调解可能是更实际的选择，以尽可能减少损失并达成双方都能接受的解决方案。
三、预防措施与建议
- 完善合同条款：在未来的合作中，确保合同条款明确、具体，包括款项支付方式、时间、条件等，以减少纠纷发生的可能性。
- 加强监管与沟通：在合作过程中，加强对挂靠单位的监管，定期沟通工程进展和款项支付情况，及时发现问题并解决。
- 保留证据：妥善保留与工程款支付相关的所有证据，包括合同、支付凭证、沟通记录等，以备不时之需。
示例：假设您与挂靠单位签订了合法有效的挂靠协议，且工程款确实应支付给您。但挂靠单位在收到款项后未支付给您。此时，您可先与挂靠单位协商，要求其支付款项。若协商无果，可委托律师发送律师函。若挂靠单位仍不支付，您可向法院提起诉讼，要求挂靠单位支付款项及利息。
法律背景：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合法有效的合同受法律保护，当事人应按照约定履行义务。若一方未履行义务，另一方有权要求其承担违约责任。在建设工程领域，违法分包、转包等行为可能面临行政处罚，并影响相关权益的保障。
后续行动建议：根据具体情况选择合适的措施追回款项或保障权益，并加强预防措施以减少未来纠纷的发生。如有任何疑问或需要进一步帮助，请直接向我咨询。