根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位有义务在解除或终止劳动合同时，为劳动者出具相关证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续，且需妥善保存相关文件至少二年备查。不过，对于公司应存档案的具体年限要求，更直接且明确的规定体现在《企业职工档案管理工作规定》中，该规定要求企业职工档案的保管期限不得少于三年。以下是详细解释：

1. 法律依据与保管期限：

   • 《企业职工档案管理工作规定》明确规定了企业职工档案的保管期限不得少于三年。这一规定直接回应了您关于公司应存档案年限的疑问，确保了劳动者档案的完整性和可追溯性。

2. 档案内容的重要性：

   • 企业职工档案不仅记录了劳动者的基本信息，还包含了劳动合同、工资单、奖惩记录等重要文件。这些档案在劳动者维权、办理退休、享受社会保险待遇等方面发挥着关键作用。因此，公司有义务妥善保管这些档案，以备不时之需。

3. 法律责任与后果：

   • 如果公司未按照规定保管档案，导致档案丢失或损坏，可能会面临法律责任。劳动者有权要求公司恢复档案原状或赔偿因此造成的损失。在极端情况下，如果档案丢失导致劳动者无法享受应有的社会保险待遇或退休权益，公司还可能面临更严重的法律后果。

4. 实际操作建议：

   • 作为公司，应建立健全的档案管理制度，确保档案的完整性和安全性。同时，应定期对档案进行整理和归档，以便在需要时能够迅速找到相关文件。此外，公司还应加强与劳动者的沟通，确保劳动者了解自己的档案情况，并在需要时能够提供必要的协助。

总结来说，公司应存档案至少三年以上的规定主要来源于《企业职工档案管理工作规定》。这一规定确保了劳动者档案的完整性和可追溯性，为劳动者维权提供了有力保障。如果您在档案保管方面遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。