核心结论：乙方能否采取有效措施及具体应对方式，取决于双方土地承包合同的具体约定、退耕还林行为的合法性以及乙方是否因此遭受实际损失等因素。以下分情况说明：

1. 若合同明确约定了土地用途及变更程序，且甲方未经乙方同意擅自退耕还林
   根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

   • 乙方权利：可要求甲方恢复农田原状（如清除林木、复垦土地），并赔偿因退耕还林导致的直接损失（如预期收益减少、复垦费用等）。
     
   • 操作建议：
     
     1. 立即书面通知甲方限期整改，并留存送达证据（如邮寄回执、短信记录）；
        
     2. 若甲方拒绝，可向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，或直接向法院起诉，主张违约责任；
        
     3. 若退耕还林行为涉及破坏耕地（如将基本农田转为林地），可同时向当地农业农村部门或自然资源部门举报，要求行政处罚。

2. 若合同未明确约定土地用途，或乙方同意退耕还林但未约定补偿条款
   根据《农村土地承包法》第三十八条，土地经营权流转应当遵循依法、自愿、有偿原则。

   • 乙方权利：
     
     1. 若退耕还林未损害乙方权益（如乙方仍可获得生态补偿款），则无权干涉；
        
     2. 若退耕还林导致乙方无法继续承包经营（如土地性质变更导致合同无法履行），可要求解除合同并索赔（包括直接损失和可得利益损失）。
        
   • 操作建议：
     
     1. 核查合同是否约定“土地用途变更需双方协商一致”等条款；
        
     2. 若无约定，可与甲方协商补充补偿协议（如分享生态补偿款、延长承包期等）；
        
     3. 若协商不成，可依据《民法典》第五百六十三条主张合同目的无法实现，要求解除合同并赔偿。

3. 若退耕还林行为本身违法（如未经审批占用耕地）
   根据《土地管理法》第七十五条，违反规定占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

   • 乙方权利：
     
     1. 可向相关部门举报甲方违法行为，要求行政处罚；
        
     2. 若因行政处罚导致土地无法继续承包（如被强制恢复耕地），可要求甲方赔偿全部损失（包括复垦费用、预期收益等）。
        
   • 操作建议：
     
     1. 收集甲方退耕还林的证据（如照片、视频、证人证言）；
        
     2. 向当地自然资源部门或农业农村部门提交书面举报材料；
        
     3. 同步准备民事诉讼材料，以防行政程序滞后导致损失扩大。

风险提示：

• 若乙方未在知道或应当知道权利受损之日起3年内主张权利，可能丧失诉讼时效；
  
• 退耕还林涉及生态保护政策，部分地区可能对违法变更土地用途的行为从重处罚，乙方需关注地方性法规；
  
• 若土地已纳入永久基本农田范围，任何单位和个人不得擅自占用或者改变用途，甲方行为可能涉嫌刑事犯罪（如非法占用农用地罪），乙方可向公安机关报案。
  

建议行动步骤：

1. 立即核查土地承包合同条款及土地性质（如是否为基本农田）；
   
2. 固定甲方退耕还林的证据（如现场照片、政府公示文件等）；
   
3. 根据合同约定及损失情况，选择协商、仲裁或诉讼途径解决；
   
4. 若涉及行政违法或刑事犯罪，同步向相关部门举报或报案。
   

如有进一步细节（如合同具体条款、退耕还林规模等），可提供更多信息以便针对性分析。