结论前置：公司检查员工手机的行为，在大多数情况下是违法的，因为它侵犯了员工的隐私权。不过，也存在一些特定情形下的例外。以下是对此问题的详细分析：
一、隐私权保护的法律基础
《中华人民共和国民法典》：
- 根据第一千零三十二条，自然人享有隐私权，任何组织或个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。手机作为员工的私人物品，其中存储的信息和通讯内容均属于个人隐私范畴，受到法律严格保护。
通信自由和通信秘密：
- 宪法及相关法律法规规定，公民的通信自由和通信秘密受法律保护。员工手机中的通信信息，如通话记录、短信等，均属于此保护范围，公司非经法定程序无权干涉或查看。
二、公司检查员工手机的违法性分析
一般情况下的违法性：
- 在没有员工明确同意或法律特别授权的情况下，公司擅自检查员工手机，直接侵犯了员工的隐私权，违反了民法典的相关规定。同时，这种行为也可能构成对员工通信自由和通信秘密的侵犯。
公司管理权限的界限：
- 公司对职工的管理应限于工作范围内，对于职工的个人生活及私人物品，如无特殊原因，单位无权干涉。员工的手机作为私人财产，其中存储的信息和通讯内容均受隐私法律保护，公司不得随意查看。
三、特定情形下的合理性探讨
明确的工作需要且事先告知：
- 若公司能证明查看员工手机是出于合法、合理且必要的工作目的，如调查涉及公司重大利益的商业机密泄露事件，并且在规章制度中明确规定了在特定情况下可检查员工手机，同时事先向员工进行了充分的告知说明，这种情况下公司的检查行为可能具有一定的正当性。但即便如此，也需确保符合处理个人信息的合法、正当、必要原则，并尽可能获得员工的同意。
配合执法机关：
- 当执法机关因调查案件等法定事由要求公司协助，要求检查员工手机信息时，公司在依法配合的过程中查看员工手机信息，是符合法律规定的。但这种情况下，公司应确保执法程序的合法性和正当性，并尽可能保护员工的隐私权。
四、可能的法律后果及员工权益保护
行政责任：
- 如果公司未经员工同意私自查看其手机信息，可能面临法律责任。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》相关规定，偷窥、偷拍、窃听、散布他人隐私的行为可能会受到拘留或罚款的处罚。
刑事责任：
- 非法获取、隐匿、毁弃或开拆他人手机信息，情节严重的，可能会触犯刑法中关于侵犯公民通信自由权利的规定，面临刑事处罚。
员工权益保护措施：
- 员工遇到公司擅自检查手机信息的情况，有权拒绝查看，并明确告知公司其行为违法。
- 员工应收集相关证据，向公司高层或人力资源部门反映情况，要求公司停止侵权行为、消除影响。
- 协商不成时，员工可以向劳动监察部门投诉，或通过劳动仲裁、民事诉讼等途径要求公司承担相应的法律责任，赔偿因侵权行为给员工造成的损失。
总结与建议：公司应尊重员工的隐私权，避免擅自检查员工手机。在特定情况下，如涉及公司重大利益或配合执法机关调查时，公司应确保检查行为的合法性和正当性，并尽可能获得员工的同意。员工也应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当措施维护自己的隐私权和通信自由。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。