结论前置：公司贷款付给上游公司后，多余款项退回原账户一般没有问题，但需根据具体情况判断，主要涉及资金流转的合规性、合同约定以及税务处理等方面。以下从不同角度详细分析：

1. 资金流转的合规性

• 银行贷款用途：公司从银行获得的贷款，通常会有明确的用途约定，如用于采购原材料、支付工程款等。如果贷款资金被用于支付给上游公司，且该支付行为符合贷款合同约定的用途，那么多余款项退回原账户，从资金流转的角度来看，是合规的。
• 资金回流风险：需要注意的是，如果多余款项退回原账户被视为资金回流，且该回流行为没有合理的商业解释或合同依据，可能会引发银行或监管机构的关注，甚至被视为违规操作。因此，公司应确保资金流转的合规性，保留好相关凭证和合同，以证明资金流转的合理性。

2. 合同约定

• 采购合同：公司与上游公司之间的采购合同是判断多余款项退回是否合规的重要依据。如果采购合同中明确约定了付款金额、付款方式以及多余款项的处理方式，那么公司应按照合同约定执行。
• 退款条款：如果采购合同中包含了退款条款，且多余款项的退回符合退款条款的规定，那么公司可以放心地将多余款项退回原账户。
• 无合同或合同不明确：如果公司与上游公司之间没有签订采购合同，或者合同中没有明确约定多余款项的处理方式，那么公司应与上游公司协商解决，并尽可能签订补充协议以明确双方的权利和义务。

3. 税务处理

• 增值税处理：如果公司支付给上游公司的款项中包含了增值税，且多余款项的退回涉及到增值税的退还或调整，那么公司应按照税法规定进行税务处理，确保税务合规。
• 所得税处理：多余款项的退回可能还会影响到公司的所得税处理。公司应咨询专业税务机构或税务人员，了解相关税务政策，确保所得税处理的合规性。

4. 实际操作建议

• 保留凭证：公司应保留好所有与资金流转相关的凭证，如银行转账记录、采购合同、发票等，以备查验。
• 及时沟通：如果公司发现支付给上游公司的款项有多余，应及时与上游公司沟通，明确多余款项的处理方式，并尽快办理退款手续。
• 咨询专业机构：如果公司对资金流转、合同约定或税务处理等方面存在疑问，可以咨询专业律师或税务机构，以获取专业的法律意见和税务建议。

举例说明：假设公司A从银行获得了一笔贷款，用于向供应商B采购原材料。采购合同中约定了采购金额为100万元，但公司A实际支付了110万元。后来，供应商B发现多收了10万元，并同意将多余款项退回公司A的原账户。在这种情况下，只要公司A能够证明该110万元的支付行为符合贷款合同约定的用途，且采购合同中没有禁止退款或对退款有特殊约定，那么多余款项的退回就是合规的。

后续思考依据：公司在处理类似情况时，应充分考虑资金流转的合规性、合同约定以及税务处理等方面，确保所有操作都符合法律法规和合同约定。如果遇到复杂情况或不确定如何处理，应及时咨询专业律师或税务机构，以降低法律风险。有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况给出更详细的法律建议。