若要反映主管单位包庇医院违法犯罪行为，可通过以下合法途径进行，但需注意证据收集与法律程序合规性：

1. 向纪检监察机关举报

   • 法律依据：根据《中国共产党纪律检查机关控告申诉工作条例》及《中华人民共和国监察法》，纪检监察机关负责监督公职人员职务违法与犯罪行为。若主管单位存在滥用职权、徇私舞弊等行为，可向其同级或上级纪委监委提交书面举报材料，附证据（如书面文件、录音录像、证人证言等）。
     
   • 操作要点：举报材料需明确被举报人姓名、职务、违法事实及证据线索，避免主观臆断。纪检监察机关受理后将依程序调查，并反馈结果。

2. 向上一级行政主管部门申诉

   • 适用场景：若主管单位为卫生健康委员会等行政机关，可依据《行政复议法》向其上级部门申请行政复议，或依据《行政诉讼法》直接提起行政诉讼，要求撤销其包庇行为或确认违法。
     
   • 证据要求：需证明主管单位存在不作为、乱作为（如故意隐瞒医院违法行为、拒绝查处等），例如行政文书、处理记录、现场照片等。

3. 向公安机关报案

   • 刑事责任角度：若医院违法行为涉嫌犯罪（如医疗事故罪、非法行医罪），且主管单位存在共犯或帮助行为（如伪造证据、通风报信），可直接向公安机关报案，要求立案侦查。
     
   • 注意事项：需提供初步证据证明犯罪事实存在，公安机关将依《刑事诉讼法》调查，若证据不足可能不予立案，此时可申请检察机关立案监督。

4. 通过信访渠道反映

   • 补充途径：若其他途径受阻，可依据《信访条例》向信访部门提交材料，但需注意信访不替代法定救济程序，且需避免重复信访、越级信访。

风险提示与建议：

• 证据固定：所有举报、申诉均需以证据为基础，建议通过公证、律师见证等方式增强证据效力。
  
• 法律程序：不同途径有严格时效与形式要求（如行政复议需在知道行为后60日内提出），需提前查阅具体规定。
  
• 保护自身：若担心报复，可匿名举报或申请证人保护，但匿名举报可能影响调查效率。
  

若需进一步分析具体证据或程序细节，可直接向我咨询，我将结合案情提供针对性方案。