机关单位公车违章罚款原则上由单位承担，但若因驾驶员故意或重大过失导致违章，单位可向其追偿。具体分析如下：

1. 单位承担罚款的法律依据与合理性
   根据《民法典》第1191条，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。公车违章虽不直接涉及第三方损害，但属于驾驶员执行公务过程中违反交通法规的行为，罚款本质是对单位管理责任的行政处罚（如《道路交通安全法》第107条规定的“对单位处以罚款”）。因此，单位作为公车的管理主体，通常需先行承担罚款，这符合“谁管理、谁负责”的行政逻辑。

2. 驾驶员责任追偿的例外情形
   若违章系驾驶员故意违反交通法规（如酒驾、超速50%以上）或重大过失（如无证驾驶、肇事逃逸），单位在承担罚款后，可依据内部规章制度或劳动合同向驾驶员追偿。例如，某单位《公车使用管理办法》明确规定：“驾驶员因故意或重大过失导致违章的，需承担全部罚款及车辆维修费用。”此类追偿需满足两个条件：

   • 单位有明确的内部责任划分规定；
     
   • 驾驶员行为与违章结果存在直接因果关系。

3. 实务操作中的关键点

   • 证据固定：单位需留存违章记录（如交警处罚决定书）、行车记录仪视频、驾驶员陈述等证据，以证明违章与公务活动的关联性或驾驶员的过错程度。
     
   • 程序合规：追偿需通过单位内部决策程序（如工会审议、职工代表大会表决），避免单方扣罚引发劳动争议。
     
   • 金额限制：追偿金额一般不超过驾驶员当月工资的20%（《工资支付暂行规定》第16条），且需保留其基本生活费用。

建议：若您是单位管理人员，可制定《公车使用及违章处理细则》，明确责任划分标准；若您是驾驶员，需严格遵守交规，避免因个人过错承担额外费用。如有具体案例，可进一步向我咨询细节。