串通投标的处罚部门主要涉及行政监管部门和司法机关，具体如下：

一、行政监管部门

1. 发展和改革委员会（或相关招标投标行政监督部门）

   • 职责：负责指导和协调招标投标工作，对串通投标等违法行为进行行政处罚。
   • 处罚措施：根据《中华人民共和国招标投标法》第五十三条，行政监管部门可以对串通投标的投标人处以中标项目金额千分之五以上千分之十以下的罚款，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员处单位罚款数额百分之五以上百分之十以下的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得；情节严重的，取消其一年至二年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格并予以公告，直至由工商行政管理机关吊销营业执照。

2. 工商行政管理机关

   • 职责：在串通投标行为情节严重，涉及吊销营业执照等处罚时，由工商行政管理机关执行。
   • 处罚措施：根据行政监管部门的建议或决定，吊销违法企业的营业执照。

二、司法机关

1. 公安机关

   • 职责：负责侦查串通投标犯罪案件，对涉嫌犯罪的串通投标行为进行立案侦查。
   • 触发条件：当串通投标行为情节严重，构成犯罪时，公安机关将介入调查。

2. 人民检察院

   • 职责：对公安机关移送的串通投标犯罪案件进行审查起诉，确保案件符合起诉条件。
   • 工作流程：人民检察院在审查后，认为犯罪事实清楚，证据确实充分的，将向人民法院提起公诉。

3. 人民法院

   • 职责：负责审理串通投标犯罪案件，对被告人进行定罪量刑。
   • 处罚措施：根据《中华人民共和国刑法》第二百二十三条，人民法院可以对构成串通投标罪的被告人处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；单位犯罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法处罚。

三、实际案例与处罚流程

• 案例：某市政工程招标中，A公司与B公司私下达成协议，A公司以高价投标确保B公司低价中标，事后B公司向A公司支付“好处费”。经查实，两家公司均被行政监管部门处以中标金额8%的罚款，相关责任人被追究刑事责任。
• 处罚流程：行政监管部门在发现串通投标行为后，会进行调查取证，确认违法行为后下达处罚决定书。若行为构成犯罪，行政监管部门会将案件移送公安机关立案侦查，随后由人民检察院审查起诉，最终由人民法院进行审理和判决。

四、合规建议

1. 独立编制投标文件：避免技术方案、报价模板等出现雷同，减少被认定为串通投标的风险。
2. 保护投标信息：使用专用设备制作标书，防止电子数据泄露，确保投标过程的保密性。
3. 加强内部监督：建立投标合规审查机制，防范员工参与串通行为，确保企业合规经营。

总结：串通投标的处罚部门涉及行政监管部门和司法机关，各部门在各自的职责范围内对串通投标行为进行处罚。企业应加强合规意识，避免参与串通投标行为，以免面临严重的法律后果。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。