重大事故责任认定书在私下调解后仍然会出具。以下是对这一问题的详细解释：

1. 责任认定书的性质与作用：

   • 重大事故责任认定书是公安机关交通管理部门根据交通事故现场勘验、检查、调查情况和有关的检验、鉴定结论，及时制作的一种法律文书。
   • 它作为处理交通事故的证据，具有法律效力，是确定交通事故责任、进行事故赔偿、处理事故责任者以及进行事故统计和报告的重要依据。

2. 私下调解与责任认定书的关系：

   • 私下调解是事故双方或多方在自愿、平等的基础上，通过协商达成赔偿协议的方式解决事故纠纷。
   • 私下调解并不影响公安机关交通管理部门对事故责任的认定和责任认定书的出具。无论事故双方是否选择私下调解，公安机关交通管理部门都会依法进行事故调查，并出具责任认定书。

3. 责任认定书出具后的影响：

   • 即使事故双方已经私下达成调解协议，责任认定书仍然可以作为调解协议的依据，确保调解的公正性和合理性。
   • 如果私下调解协议无法履行或存在争议，责任认定书可以作为法院审理案件的重要证据，帮助法院确定事故责任和赔偿金额。

4. 特殊情况下的处理：

   • 在某些特殊情况下，如事故双方对责任认定有异议或事故涉及刑事犯罪等，公安机关交通管理部门可能会暂缓出具责任认定书，待进一步调查或处理后再出具。
   • 但这并不意味着私下调解可以阻止责任认定书的出具，只是出具时间可能会受到一定影响。

建议：

• 在处理重大交通事故时，无论是否选择私下调解，都应积极配合公安机关交通管理部门的调查工作，确保责任认定书的准确性和公正性。
• 如果对责任认定书有异议，可以在规定时间内向上级公安机关交通管理部门提出复核申请，以维护自己的合法权益。

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