在处理土地使用权转让合同纠纷时，其案由的确定主要依赖于转让的土地使用权类型以及纠纷的具体性质。以下是对此问题的详细解答：
一、主要案由类型
建设用地使用权转让合同纠纷
- 当涉及的是国有土地中用于建设建筑物、构筑物及其附属设施的建设用地使用权转让时，若双方因合同的效力、履行（如转让价款支付、土地交付条件等）或违约责任等问题产生争议，该纠纷即被归类为“建设用地使用权转让合同纠纷”。
- 此类纠纷的处理主要依据《中华人民共和国民法典》合同编及相关法律法规，法院会综合考量合同内容以及相关法律法规，以确定责任归属和解决方案。
农村土地承包经营权转让合同纠纷
- 对于农村土地承包经营权的转让，若双方在转让期限、转让费用等方面发生争议，则案由为“农村土地承包经营权转让合同纠纷”。
- 农村土地承包经营权是指农村集体经济组织成员或其他单位、个人依法承包取得的农村土地的经营权。此类纠纷的处理需遵循特定的法律规定和处理程序，以保护农民的合法权益。
土地租赁合同纠纷（特殊情况）
- 在某些特殊情况下，土地使用权转让可能以土地租赁的形式出现。如果双方实际履行的是以租赁之名行转让之实，且因此产生纠纷，虽然名义上为“土地租赁合同纠纷”，但法院在处理时会结合具体案情判断是否存在以合法形式掩盖非法目的等情形，并据此作出裁决。
二、特殊情况与注意事项
土地权属争议
- 如果纠纷涉及的是土地权属的争议，即对某块土地的所有权或使用权的归属存在争议，这可能构成行政案件，而非单纯的民事合同纠纷。此时，当事人应通过行政诉讼等途径解决权属问题。
预防纠纷措施
- 为避免土地使用权转让纠纷的发生，双方当事人在进行交易时应谨慎审查合同条款，确保交易的合法性、安全性和明确性。特别是关于转让价格、支付方式、土地交付条件、违约责任等关键条款，应详细约定并严格遵守相关法律法规的规定。
三、案例分析参考
以甲公司诉乙公司土地使用权转让合同纠纷案为例，该案涉及合同签订、履约过程、争议焦点、法律分析及处理结果等多个方面。通过案例分析，我们可以看到土地转让合同纠纷的核心在于明确权责划分、强化履约监督，并在发生争议时依法主张权利。
四、建议
- 在涉及土地使用权转让时，建议双方当事人明确合同条款，特别是关于转让条件、价款支付、违约责任等关键内容。
- 在交易前，受让方应核查土地权属状态，确保土地无抵押、查封等限制转让的情况。
- 如发生纠纷，建议及时咨询专业律师，以获取针对性的法律建议和帮助，降低法律风险。
综上所述，土地使用权转让合同纠纷的案由及处理方式需根据具体情况而定。当事人在面临此类纠纷时，应综合考虑土地使用权类型、纠纷性质以及相关法律法规，以维护自身合法权益。