结论：合同到期单位不再续签，赔偿是否计入应付工资总额需视具体情况而定，但经济补偿的计算基数通常是劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，这一基数与应付工资总额有直接关联。下面我将从不同情况为您详细分析：
一、单位需支付经济补偿的情况
单位直接不续签：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同期满即终止。若单位未维持或提高劳动合同约定条件而直接决定不续签，那么单位需要向劳动者支付经济补偿。
- 经济补偿的计算方法：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，这一基数实际上就是劳动者在这段时间内的应付工资总额的平均值。
- 特殊情形：若劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，经济补偿的标准将按该职工月平均工资三倍的数额支付，且最高赔偿年限不超过十二年。
单位降低条件导致劳动者不续签：
- 如果单位在续签时降低了原有的劳动条件（如工资待遇、工作岗位、工作环境等），导致劳动者不愿续签，单位同样需要支付经济补偿。
- 经济补偿的计算方法与上述单位直接不续签的情况相同。
二、单位无需支付经济补偿的情况
- 当用人单位在劳动合同到期时，维持或者提高了劳动合同约定的条件，并希望与劳动者续订劳动合同，但劳动者因个人原因（如职业发展、家庭因素等）不同意续签时，单位无需支付经济补偿。
三、实际案例分析
假设劳动者在公司工作了3年，月平均工资为5000元，且公司未维持或提高劳动合同约定条件而直接决定不续签：
- 那么公司需支付的经济补偿为：3年 × 5000元/月 = 15000元。这里的15000元就是基于劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资（即应付工资总额的平均值）计算得出的。
四、建议与总结
- 对于单位：在处理劳动合同终止事宜时，应明确劳动条件的变化情况，并与员工进行充分沟通。若决定不续签或降低条件，应提前做好经济补偿的准备。
- 对于劳动者：应了解自己的权益，在面临劳动合同终止时能够做出正确的选择和应对。若单位未支付应得的经济补偿，劳动者可以通过法律途径维护自己的合法权益。
最后，合同到期单位不再续签时，赔偿是否计入应付工资总额实际上取决于经济补偿的计算基数，即劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。这一基数与应付工资总额有直接关联。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。