结论：在工伤发生交通事故且对方是电动自行车逃逸的情况下，伤者的医药费一般不能直接通过医保报销，但可以根据具体情况，通过工伤保险或向肇事者追偿来获得赔偿。
详细分析：
医保报销的限制：
- 根据《中华人民共和国社会保险法》第三十条的规定，应当由第三人负担的医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围。在电动自行车逃逸导致的工伤事故中，电动自行车驾驶人作为第三人，其应承担的医疗费用不属于医保的支付范畴。
- 医保制度的设计初衷是为了保障参保人员因疾病或自身意外受伤时的医疗需求，而非用于支付因交通事故等第三方责任导致的伤害医疗费用。
工伤保险的适用：
- 如果伤者是在工作过程中发生的交通事故，且该事故被认定为工伤，那么伤者可以享受工伤保险待遇。工伤保险将覆盖伤者的医疗费用、康复费用、伤残津贴等。
- 工伤保险的报销不受交通事故责任方是否逃逸的影响，只要事故被认定为工伤，伤者就可以按照工伤保险的规定获得赔偿。
向肇事者追偿：
- 在电动自行车逃逸的情况下，伤者或其家属应积极报警并配合警方调查，以尽快找到肇事者。
- 一旦找到肇事者，伤者或其家属可以通过法律途径向肇事者追偿医疗费用、误工费、护理费等损失。
- 如果肇事者无法确定或无力赔偿，伤者或其家属可以向当地的社会保险经办机构申请先行支付医疗费用，但后续有权向肇事者追偿。
法律建议：
- 及时报警并保留证据：在发生交通事故后，伤者或其家属应立即报警，并尽可能保留现场照片、事故认定书、医疗费用发票等证据，以便后续维权。
- 申请工伤认定：如果事故发生在工作过程中，伤者或其家属应及时向用人单位提出工伤认定申请，以便享受工伤保险待遇。
- 咨询专业律师：在处理此类复杂案件时，建议伤者或其家属咨询专业律师，以了解具体的法律程序和维权策略。
特殊情况说明：
- 如果伤者没有获得肇事者足额赔偿或找不到肇事者，且伤者自身参加了医保，那么在某些地区或特定情况下，医保可能会在一定范围内对伤者的医疗费用进行适当报销。但这并非普遍情况，且报销比例和范围可能因地区和政策而异。
总之，在工伤发生交通事故且对方是电动自行车逃逸的情况下，伤者应优先考虑通过工伤保险获得赔偿，并积极向肇事者追偿。如有需要，可以随时向我咨询相关法律问题。