针对您提出的“拖拉机无牌无证无手续非法改装上路发生交通事故怎么处罚”的问题，这是一个涉及多个法律层面的复杂情况，我将从事故责任认定、法律后果以及处理流程三个方面为您详细解答。
一、事故责任认定
在拖拉机无牌无证无手续非法改装上路发生交通事故时，交警部门会依据《道路交通事故处理程序规定》及《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》进行责任认定。具体来说，交警会全面勘查事故现场，收集相关证据，包括询问当事人、目击者，拍摄照片及测量数据等，同时还会对拖拉机进行检验鉴定，评估其安全性能及是否符合上路标准。责任认定将依据事故现场勘查、调查取证结果，结合当事人的行为对事故发生的作用及过错的严重程度来确定。如果拖拉机驾驶人存在闯红灯、超速、逆行等严重违法行为，或者非法改装导致车辆性能下降，通常将承担主要甚至全部责任。
二、法律后果
行政处罚：
- 无牌上路：根据《道路交通安全法》，未悬挂机动车号牌上路行驶的，公安机关交通管理部门将扣留机动车，并处警告或二十元以上二百元以下罚款。
- 无证驾驶：未取得机动车驾驶证驾驶拖拉机的，将处二百元以上二千元以下罚款，并可并处十五日以下拘留。
- 非法改装：对于非法改装的拖拉机，交警部门将责令恢复原状，并可能处以罚款。
民事赔偿：
- 无论责任如何划分，无牌无证非法改装的拖拉机一方都需按责任比例承担民事赔偿责任。赔偿项目包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费等。若造成残疾或死亡，还需赔偿相应费用。
- 如果拖拉机投保了相关保险，保险公司将在保险责任范围内进行赔偿；但非法改装可能导致保险公司拒赔或部分拒赔。未投保相关保险的，则由责任人自行承担全部赔偿。
刑事责任：
- 若事故造成一人以上重伤，且拖拉机驾驶人负全部或主要责任，同时具有无驾驶资格驾驶或非法改装等情形，可能构成交通肇事罪，将面临三年以下有期徒刑或拘役的处罚。
- 如果逃逸或有其他特别恶劣情节，处罚将更为严厉，可能面临三年以上七年以下有期徒刑；因逃逸致人死亡的，将处七年以上有期徒刑。
三、处理流程
现场处理：
- 发生事故后，拖拉机驾驶人应立即停车保护现场，抢救受伤人员，并迅速报告交警部门。如果变动现场，需要标明位置。
配合调查：
- 驾驶人应如实陈述事故发生经过，提供相关证据，协助交警准确认定事故责任。同时，需要接受交警对拖拉机无牌无证无手续非法改装情况的调查。
接收事故认定书：
- 及时接收交警出具的事故认定书，如有异议可在规定时间内提出复核申请。
协商赔偿或诉讼：
- 双方可就赔偿问题协商达成一致，签订赔偿协议并履行。协商不成的，受害人可向人民法院提起民事诉讼，要求责任人承担赔偿责任。
四、建议与提醒
- 严格遵守交通法规：依法取得驾驶证，按规定悬挂机动车号牌，不进行非法改装，是保障道路交通安全的基本要求。
- 提高安全意识：保持高度警惕，注意观察路况，遵守交通规则，文明驾驶。
- 及时购买保险：为车辆购买交强险和商业险，降低交通事故带来的经济损失和风险。
综上所述，拖拉机无牌无证无手续非法改装上路发生交通事故将面临严重的法律后果。驾驶人应增强法律意识，遵守交通法规，确保行车安全，减少交通事故的发生。如果发生事故，应积极配合交警部门的调查和处理工作，妥善解决善后事宜。