在职院长一般不可以直接开民营企业，但存在例外情况，以下从不同角度进行分析：
从公职人员兼职规定角度
- 如果在职院长属于公职人员范畴（例如公立医院院长通常属于事业单位公职人员），根据相关规定，公职人员一般不得在企业或者其他营利性组织中兼任职务。这是为了防止公职人员利用职务之便谋取私利，保证公职人员能够专心履行公职，维护公共利益和公职的公正性。如果违反规定兼职取酬，可能会面临纪律处分，包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等处分，具体依据违规情节的严重程度而定。
从利益冲突与回避角度
- 即使不存在严格的兼职禁止规定，在职院长开民营企业也可能存在利益冲突问题。例如，院长在其所在单位（如医院）的采购、合作等事务决策中，如果同时拥有民营企业，可能会使民营企业的利益与单位利益产生关联，难以保证决策的公正性和客观性。这种情况下，即使没有明确的禁止性规定，院长也应当主动回避相关可能存在利益冲突的事务，并且这种行为可能会受到单位内部管理规定、行业规范以及社会舆论的监督和制约。
例外情况
- 如果在职院长经过合法的审批程序，例如向其所在单位的主管部门提出申请，说明开民营企业的目的、业务范围、利益关系等情况，并且获得批准。这种情况下，院长可以在不影响本职工作、不违反利益冲突原则的前提下开展民营企业的经营活动。但这种批准通常是非常严格的，需要满足诸多条件，如确保不会影响公职的履行、不会利用公职资源为民营企业谋取利益等。