物流公司在经营过程中若出现违规行为，其处理方式主要依据相关的法律法规进行。以下是一些常见的违规情形及其对应的处理措施：

首先，如果物流公司存在抛扔快件、踩踏快件等损害快件安全的行为，根据《快递市场管理办法》的相关规定，邮政管理部门会责令其改正，并可能予以警告或通报批评，同时可以并处1万元以下的罚款；若情节严重，罚款金额将提升至1万元以上3万元以下。

其次，若物流公司未按规定向邮政管理部门报送数据信息，或者存在漏报、错报、瞒报、谎报等情况，同样会受到邮政管理部门的责令改正。若逾期未改正，还将面临3000元以下的罚款。此外，如果物流公司在特定地域范围内可能不具备提供正常服务的能力和条件，却未按规定报告或公告，也会受到相应的处罚。

再者，对于未取得快递业务经营许可而擅自经营快递业务，或者邮政企业以外的单位或个人经营由邮政企业专营的信件寄递业务或寄递国家机关公文的行为，根据《中华人民共和国邮政法》的规定，邮政管理部门或工商行政管理部门将责令其改正，没收违法所得，并处五万元以上十万元以下的罚款；情节严重的，罚款金额将提升至十万元以上二十万元以下，对快递企业还可能责令停业整顿直至吊销其快递业务经营许可证。

另外，如果物流公司非法扣留快件，根据《快递暂行条例》的规定，邮政管理部门将责令其改正，没收违法所得，并处5万元以上10万元以下的罚款；情节严重的，罚款金额将提升至10万元以上20万元以下，并可以责令停业整顿直至吊销其快递业务经营许可证。

最后，物流公司还需注意，不得以任何方式将快递业务委托给未取得快递业务经营许可的企业经营，也不得以任何方式超越经营许可范围委托经营。违反此规定的，同样会受到邮政管理部门的责令改正和罚款处罚。

综上所述，物流公司在经营过程中应严格遵守相关法律法规，确保合规经营。若出现违规行为，将面临邮政管理部门的严厉处罚。因此，建议物流公司加强内部管理，提高合规意识，以避免不必要的法律风险。