高企有效期第三年收入不达标时，企业需根据具体情况采取针对性措施，核心结论如下：

1. 评估不达标程度及原因
   首先需明确收入不达标的具体比例（如未达认定标准的60%或70%，不同地区要求可能不同），并分析原因（如市场波动、产品转型、核算错误等）。若因核算错误导致数据偏差，可及时修正财务数据并提交补充说明；若因客观市场因素导致收入下降，需准备相关证明材料（如行业报告、合同履行情况说明等）。

2. 利用复核或申诉机制
   根据《高新技术企业认定管理办法》，企业可在收到不达标通知后15个工作日内向认定机构提出复核申请，重点说明收入不达标的原因及企业持续符合其他认定条件的情况（如研发费用占比、知识产权、科技人员占比等）。若复核通过，可维持高企资格；若未通过，需进入后续处理流程。

3. 准备次年重新认定
   若复核未通过或未申请复核，企业高企资格将自当年期满后终止。此时需：

   • 梳理问题：针对收入不达标原因制定改进方案（如调整业务结构、加强市场拓展）；
     
   • 保留证据：确保研发活动、知识产权、科技人员等材料完整，为次年重新认定做准备；
     
   • 关注时间节点：高企认定通常每年开展1-2批，需提前3-6个月准备材料。

4. 防范税务及法律风险
   高企资格终止后，企业需：

   • 补缴税款：若此前享受了企业所得税优惠（如15%税率），需按25%税率补缴差额税款及滞纳金；
     
   • 调整财务处理：停止使用高企相关会计科目（如研发费用加计扣除）；
     
   • 避免虚假申报：若收入不达标系因虚构数据导致，可能面临行政处罚甚至刑事责任。

行动建议：

• 立即梳理近三年财务数据及研发活动记录，评估是否符合其他认定条件；
  
• 联系当地科技部门或认定机构，确认复核流程及材料要求；
  
• 若需重新认定，可提前规划研发项目及知识产权布局，确保次年指标达标。
  

如有进一步疑问（如具体地区政策差异、材料准备细节等），可直接向我咨询。